Allermatch, een unieke gebruikersvriendelijk bioinformatica website voor de geautomatiseerde voorspelling van potentile allergien van biotech producten
Op 5 februari 2004 vond de officile introductie plaats van de Allermatch website op het Internet (http://www.allermatch.org) tijdens de Allergy Matters 2004 conferentie in Wageningen, Nederland. Allermatch is een unieke website waar een aminozuursequentie van een eiwit vergeleken kan worden met de sequenties van reeds bekende allergene (allergie-veroorzakende) eiwitten, met het doel om de mogelijke allergeniteit (vermogen om allergie te veroorzaken) te voorspellen van eiwitten die in genetisch gemodificeerde producten gentroduceerd zijn. De gebruikersvriendelijke en tijdsbeparende opties van de Allermatch website maken het mogelijk om een aminozuursequentie in te voeren en met enkele muisklikken de gewenste resultaten in een accurate, beknopte, en overzichtelijke weergave op te roepen.
De Allermatch website voert geheel automatisch de bioinformatica procedures uit die zijn aanbevolen door de Codex Alimentarius in 2003, volgend op de consultatie door de FAO/WHO van experts over de allergeniteit van voedingsmiddelen die geproduceerd zijn met moderne biotechnologie in 2001. De ingevoerde aminozuursequentie wordt vergeleken met 303 sequenties van allergene eiwitten die zijn opgeslagen in een databank welke speciaal voor dit doel is samengesteld. De databank sequenties zijn verkregen uit de SwissProt Eiwit Kennis Databank en zijn bewerkt zoals aanbevolen door de consultatie van experts door de FAO/WHO. Drie opties staan voor deze vergelijkingen ter beschikking: complete sequentie overeenkomsten (in zijn geheel), partile sequentie overeenkomsten (een schuivend raam van 80 aminozuren) en exacte overeenkomsten bestaande uit korte stukken van bijvoorbeeld 6 aminozuren. Relevante uitkomsten worden onmiddelijk zichtbaar gemaakt aan de gebruiker.
De data die middels deze procedures gegenereerd worden zijn een regulier onderdeel van de veiligheidsdossiers van bedrijven die wettelijke toestemming vragen voor genetisch gemodificeerde producten. De uitkomsten van bioinformatica studies vormen samen met andere laboratorium- en klinische- testen een belangrijk deel van de "gewogen bewijslast" voor de voorspelling dat een genetisch gemodificeerd product wel of niet allergie kan veroorzaken. Tot de introductie van de Allermatch website waren de bioinformatica methoden voor het verkrijgen van de relevante uitkomsten echter niet publiekelijk beschikbaar. Omdat de aanbevolen bioinformatica procedures bewerkelijke voorbereidingen van individuele onderzoekers vergen, is het te verwachten dat de introductie van de AllermatchTM website de toegankelijkheid en efficintie van deze procedures, alsmede de transparantie van het wettelijk kader voor genetisch gemodificeerde producten, zal vergroten.
De constructie van de Allermatch website betreft een samenwerkingsverband tussen RIKILT - Instituut voor Voedselveiligheid en Plant Research International. De ervaring van deze instituten met respectievelijk de veiligheidsbeoordeling van genetisch gemodificeerde producten en de bioinformatica heeft aan de totstandkoming van de website bijgedragen. Beide instituten zijn onderdeel van Wageningen Universiteit en Research Centrum, alsmede participanten in het Allergie Consortium Wageningen. Toekomstige activiteiten zullen zich richten op werving van fondsen ten behoeve van de uitbreiding van de website met additionele hulpmiddelen voor een preciezere voorspelling van de potentile allergeniteit van peptidesequenties en andere aspecten betreffende de veiligheid van biotechnologie.
Lijst nieuwsberichten 2004