Wageningen UR publiceert verwantschapsboom van aaltjes
Onderzoekers van Wageningen UR (University & Research centre) hebben in samenwerking met de Nederlandse Plantenziektenkundige Dienst, en de universiteit van Californië (Riverside, USA) de grootste nematoden (aaltjes) verwantschapsboom ooit gepubliceerd in het novembernummer van het tijdschrift “Nematology”. De verwantschapsboom bevat meer dan 1.200 soorten, en is volledig gebaseerd op de analyse van de volgorde van de DNA-bouwstenen van de aaltjes. De onderzoekers maakten met de analyses niet alleen deze grote afstammingsboom, maar kunnen met hun resultaten nu ook aantonen welke aaltjes er in de grond zitten
Nematoden vormen de meest talrijke diergroep op aarde; op iedere vierkante meter grond leven er zo’n twee- tot twintig miljoen aaltjes, veelal kleiner dan één milimeter. Onder deze nematoden bevindt zich een kleine groep die ziekten kunnen verwekken bij mens, dier of plant. Het vervelende is niet alleen dat deze ziektenverwekkers onderling enorm veel op elkaar lijken, maar dat ze ook moeilijk te onderscheiden zijn van nuttige aaltjes. Het is tijdrovend en zeer specialistisch werk om uit te zoeken welke soorten nematoden er op een bepaalde plaats in de grond zitten.
De internationale groep onderzoekers onderzocht daarom het DNA van de nematoden. Ze kozen daarvoor een bepaald stuk DNA dat codeert voor een belangrijk onderdeel van de ribosomen. Ribosomen zijn onderdelen van cellen van planten èn dieren, die in de cel verantwoordelijk zijn voor de vorming van eiwitten.
Het stuk DNA dat de onderzoekers in kaart brachten was 1.700 bouwstenen groot. Op basis van dit relatief kleine stukje DNA bleek het mogelijk om enorm veel soorten aaltjes uit elkaar te houden. Veel meer dan met de microscoop mogelijk zou zijn.
Op basis van de DNA-analyses stelden de onderzoekers ook vast welke aaltjes het nauwst met elkaar verwant zijn en hoe de evolutie van de aaltjes verlopen moet zijn. De resultaten bleken ook genoeg informatie te bevatten om veel soorten plantenparasitaire aaltjes van elkaar te onderscheiden.
Met de nieuwe techniek zijn inmiddels tienduizenden bodemmonsters onderzocht. De techniek bleek uitstekend te voldoen: sneller èn accurater dan de gebruikelijke microscopische analyse.
Publicatie
Hanny Van Megen, Sven van den Elsen, Martijn Holterman, Gerrit Karssen, Paul Mooyman, Tom Bongers, Oleksandr Holovachov, Jaap Bakker and Johannes Helder (2009). A Phylogenetic Tree of Nematodes based on about 1200 full-length Small Subunit Ribosomal DNA sequences. Nematology Vol. 11(6), 927-950.
Foto: Aaltje onder de microscoop. Op iedere vierkante meter grond, zitten wel 20.000.000 aaltjes van veel verschillende soorten in de bodem. Door de microscoop zijn de aaltjessoorten niet makkelijk uit elkaar te houden, maar met hun DNA wel.