Wageningen UR voert binnen het domein ‘gezonde voeding en leefomgeving’ fundamenteel, toepassingsgericht en praktijkonderzoek uit. Onderzoek vindt plaats in 93 leerstoelgroepen, negen onderzoeksinstituten en diverse expertisecentra, die alle samenwerken met andere nationale en internationale kennisinstellingen en met het bedrijfsleven. De wetenschappelijke kwaliteit van Wageningen University wordt geborgd door Wageningen Graduate Schools en haar zeven onderzoekscholen. De onderzoeksinstituten worden regelmatig gevisiteerd door internationale panels.
Fundamenteel onderzoek vindt vooral plaats aan de universiteit en is gericht op de beantwoording van vragen die voortkomen uit de wetenschapsbeoefening zelf. Kenmerkend voor de Wageningse universitaire aanpak is dat er altijd nadrukkelijk verbindingen zijn met belangrijke maatschappelijke vraagstukken. De voortgang in fundamenteel onderzoek is van groot belang om technologische en maatschappelijke doorbraken te bereiken.
Toepassingsgericht onderzoek vindt met name bij de onderzoeksinstituten plaats. Dit type onderzoek is deels gericht op ontwikkeling van expertise en producten voor mogelijke toepassing binnen twee tot vijf jaar. Een ander deel is beleidondersteunend van aard. Daarnaast gaat het om kortlopende onderzoeksopdrachten, vanuit de overheid, het bedrijfsleven of publiekprivate fondsen.
Het praktijkonderzoek van Wageningen UR is sterk regionaal georiënteerd. De regionale centra houden zich bezig met de toepassing van kennis voor de beantwoording van concrete praktijkgerichte vragen.
Wageningen UR ondersteunt de Nederlandse en Europese overheid bij de uitvoering van wet- en regelgeving die noodzakelijk is om veilig voedsel, gezonde dieren en een duurzame leefomgeving te kunnen garanderen. Wageningen UR en het ministerie van Econmische Zaken, Landbouw en Innovatie hebben de uitvoering van wettelijke onderzoekstaken vastgelegd in een overeenkomst.