1100 stieren in één databank

De complete DNA-volgorde van 1147 stieren is bekend. Onderzoekers denken met de gegevens sneller te kunnen bepalen welke stieren geschikt zijn voor het fokken van bijvoorbeeld koeien die meer melk produceren, of juist minder broeikasgas.

Het 1000 bull genome project heet het, maar de oogst is inmiddels al groter dan de originele doelstelling. Het consortium dat werd opgezet door Wageningse, Australische en Franse genetici telt ondertussen 20 onderzoeksgroepen uit de hele wereld en heeft de volgorde van het DNA van 1147 stieren bepaald.

Is een stier geschikt om mee te fokken?

Roel Veerkamp, de onderzoeksleider van het Wageningse deel van het onderzoek, verwacht dat de gegevens in de toekomst gaan helpen om betrouwbaar uitsluitsel te geven over de vraag of een stier geschikt is om mee te fokken, of niet. "Vroeger konden we die vraag pas na ongeveer zeven jaar beantwoorden." Stieren geven nu eenmaal geen melk, alleen de dochters kunnen aantonen of de stier beschikt over een geschikte genenset. Pas na een jaar of zeven heeft een stier voldoende dochters om zijn kwaliteiten goed te beoordelen. Er zijn al testen die op basis van genetische informatie een indruk geven van de geschiktheid van de stier. Veerkamp: "We willen de betrouwbaarheid van deze voorspeling verhogen door gebruik te maken van het hele genoom."

Effecten van genetische afwijkingen

Uit de analyse blijkt dat het DNA op 35 miljoen plaatsen verschilt tussen de stieren van verschillende rassen. Veerkamp gaat nu samen met andere onderzoekers op zoek naar de biologische effecten van die miljoenen verschillen. Soms hebben die verschillen een eenduidig effect. Het consortium vond twee genetische afwijkingen op één plek in het DNA die duidelijk zichtbare effecten geven. De één zorgt voor krulhaar, de andere verstoort de embryonale ontwikkeling. Maar de meeste eigenschappen, zoals melkgifte, worden bepaald door variatie in honderden genen. Daar ligt de huidige uitdaging voor het onderzoek van Veerkamp.

Voorspellen van complexe eigenschappen voor de fokkerij

Hij gaat nu op zoek naar methoden om op basis van de miljoenen varianten in het DNA van het dier, deze complexe eigenschappen te voorspellen. "In het consortium hebben we een goed onderzocht kenmerk gekozen: hoogtemaat. Voor dit kenmerk gaan we in verschillende populaties kijken welke DNA-varianten belangrijk zijn en wat de beste voorspelling geeft of een stier geschikt is voor de fokkerij. Als we voor dit modelkenmerk beter weten hoe dat moet, kunnen we de stap maken naar kenmerken die belangrijker zijn voor de fokkerij. Dan kunnen we al snel na de geboorte van een stier zeggen of het goed fokmateriaal is, of niet."