Stage

Stageplaats voor een student-stagiair: AllermatchTM web-tool voor voorspelling van mogelijk allergische eigenschappen van eiwitten

Locatie

RIKILT, business unit Toxicology / Novel foods & Agro chains (TNA), Akkermaalsbos 2, 6708WB Wageningen

Achtergrond

AllermatchTM is een webtool die een gebruiker de mogelijkheid biedt om eiwitsequenties te vergelijken met allergische-reactie-veroorzakende eiwitten. AllermatchTM was ontwikkeld als hulpmiddel voor ontwikkelaars van nieuwe voedingsmiddelen (d.w.z. genetisch gemodificeerd voedsel) waarvoor een verplichte veiligheidsbeoordeling noodzakelijk is voordat dit type voedsel op de markt mag worden gebracht.

AllermatchTM werkt met drie verschillende zoekalgoritmes waarmee een eiwitsequentie wordt vergeleken op overeenkomsten met sequenties van allergie-gerelateerde eiwitten in de AllermatchTM databank. De gevonden overeenkomsten worden in een tabel samengevat met de mogelijkheid om door te klikken naar meer details over elke overeenkomst.

De achterliggende databank met sequenties van allergene eiwitten dient regelmatig te worden ge-update omdat de kennis hierover toe blijft nemen en steeds weer nog onbekende allergene eiwitten ontdekt en beschreven worden. Ook is er het plan de functionaliteit uit te breiden (meer types zoekacties, verschillende soorten databanken).

Verwachte bijdragen aan onderhoud & ontwikkeling van Allermatch

  • Updates maken van de lijst van eiwitsequenties
    in de Allermatch databank met o.a. handmatige annotatie van deze
    sequenties, op basis van officieel gepubliceerde lijsten van allergene
    eiwitsequenties (WHO-IUIS, SwissProt) en internationale richtlijnen over hoe deze sequenties bewerkt moeten worden (onder andere het verwijderen van signaal en pro-peptiden).
  • Uitvoeren van zoekacties op geselecteerd groepen eiwitten van interesse voor academisch onderzoek voor overeenkomsten met allergene eiwitten in de databank
  • Onderzoeken van mogelijkheid om de
    functionaliteit van AllermatchTM uit te breiden, door bijvoorbeeld:
    - Additionele databanken te helpen opzetten voor
    andersoortige eiwitten,
    - Algoritmen voor andere types van eiwit-eiwit vergelijkingen
    te testen
    - Bij te dragen aan literatuuronderzoek over gezondheid-beïnvloedende eigenschappen van eiwitten die mede middel bio-informatica getest kunnen worden.

Gevraagde expertise en bekwaamheden

  • HBO/WO student
  • Bio-informatica/ICT in combinatie met biochemie/allergie/biotechnologie,
    met name zoekalgoritmes (o.a. FASTA, Wordsearch), databank annotatie van eiwit
    sequenties
  • Web-content ontwikkelen, inrichten website,
    & algemene vaardigheden, o.a. spreadsheets
  • Teamwerker en zelfstandig kunnen werken (met
    begeleiding)

Contact

Dr.ir. Gijs Kleter (gijs.kleter@wur.nl, 0317-480425), Dr. Martijn Staats (martijn.staats@wur.nl, 06-14323146)