Project
Transmissienetwerken AI op basis van populatiegenetica
De pluimveesector in Nederland werd de afgelopen jaren getroffen door hoog pathogene aviaire influenza virussen (HPAI), ofwel vogelgriep. Deze HPAI subtype H5 virussen werden door wilde trekvogels vanuit Siberië in ons land geïntroduceerd.
Het is van belang om snel vast te stellen hoe een bedrijf geïnfecteerd is geraakt, door een aparte introductie vanuit de wilde vogelpopulatie, of door bedrijf-naar-bedrijf transmissie zodat beleids- en bestrijdingsmaatregelen hierop afgestemd kunnen worden.
Op dit moment worden de transmissienetwerken geanalyseerd op basis van één consensus sequentie per bedrijf. Maar AI virussen zijn in de gastheer aanwezig als populatie van verschillende genetische varianten. De opkomst van next-generation sequencing (NGS) maakt het mogelijk om ook informatie over aanwezige minderheidsvarianten te verkrijgen, en deze vervolgens mee te nemen in de bepaling van transmissienetwerken.
Transmissie tussen bedrijven
In dit voorstel willen we meer inzicht verkrijgen in de evolutie (en moleculaire variatie) van de viruspopulatie tijdens transmissie. Vervolgens zal een kansmodel ontwikkeld worden voor netwerkanalyse op basis van de genetische samenstelling van de viruspopulatie. Dit zal het mogelijk maken om meer betrouwbare uitspraken te doen over transmissie tussen bedrijven tijdens AI uitbraken.