Project

1509-048 Ontwikkeling Genotyping-by-sequencing in Polyploiden

Dit project betreft een uitbreiding op TKI-U project: Een pijplijn voor genetische analyses in polyploiden. Door het ontstaan van nieuwe kennisbehoeftes bij de bedrijven, ingegeven door ontwikkelingen in Next Generation Sequencing technologie is dit project als een pilot opgezet om capture technologie te testen voor merker productie in polyploiden.

Polyploïde gewassen zoals aardappel, prei, roos, chrysant en vlinderorchidee hebben in de veredeling minder gebruik kunnen maken van genetische en genomische tools. De technologische mogelijkheden zijn echter intussen enorm veranderd. Het is daarom nu urgent om de benodigde gereedschappen voor genetische analyse in deze gewassen te ontwikkelen en daarmee de veredeling in deze gewassen te versnellen.

Op dit moment worden nog veel polyploide gewassen gegenotypeerd met SNP arrays,  genotyping-by-sequencing (GBS) heeft echter een aantal voordelen m.n. in het detecteren van nieuwe variatie en in flexibiliteit van genotyperen, mits aan bepaalde voorwaarden kan worden voldaan. Voor genetische analyses in polyploïden is het essentieel dat de aantallen sequentie reads (read counts) correleren met het aantal allelen op de homologe chromosomen (allel dosages). Methodes die gebruikt worden in diploide soorten hoeven de dosage informatie niet te behouden. Dit pilotproject betreft het ontwikkelen en uittesten van capture hybridisatie als genoom complexiteitsreductie methode met behoud van allele dosage informatie. De resultaten worden gevalideerd t.o.v. SNP array data en leveren een dataset waarmee inzicht wordt verkregen welke stappen genomen moeten worden voor het integreren van de zo verkregen GBS data in bestaande en te ontwikkelen software.

 

Bij GBS kunnen SNPs direct uit de sequentie-informatie wordt gehaald zonder tussenkomst van een SNP array. Dit maakt in potentie genotypering sneller en flexibeler. Daarnaast opent de methode betere mogelijkheden voor haplotypering en daarmee preciezere QTL mapping en associatie mapping. De verwachting is dat bepaalde GBS technologieën op den duur goedkoper zijn en meer flexibiliteit geven en zo veredeling in polyploïden kan versnellen.

 

Het project zal tot meer kennis leiden in de succes- en risicofactoren van de methode voor genotypering in polyploïden en in een vervolg project ook inzicht geven in welke stappen nodig zijn voor kwaliteitsfiltering, dosage bepaling en haplotype waarschijnlijkheidskansen voor QTL mapping en associatie studies.

Publicaties