AI: Genoom AI virussen in kaart brengen

Project

AI: Genoom AI virussen in kaart brengen

Tijdens de recente uitbraken van aviaire influenza H5N8 is duidelijk de meerwaarde aangetoond van het snel kunnen volledig-genoom sequencen van de uitbraak AI isolaten met de daaraan gekoppeld de bioinformatica analyses. Op basis van de temporale fylogenetische en -geografische analyses van de verkregen consensus sequenties kon worden geconcludeerd dat het bij 4 bedrijven zeer waarschijnlijk om separate introducties ging en niet om spreiding tussen bedrijven. Bij twee bedrijven was er waarschijnlijk wel sprake van tussenbedrijfstransmissie (Bouwstra et al. 2015).

De gevonden sequentievariatie kon het beste verklaard worden door aan te nemen dat de virussen afkomstig waren uit trekvogels die het mogelijk hadden meegenomen van uit Siberië. Deze conclusie werd bevestigd nadat de latere sequenties van virussen uit een wintertaling (DL) en smienten (NL) in de analyse werden betrokken. Verder bleek uit de temporale analyse dat de virussen uit Europa (Duitsland, Nederland, UK en die uit Chiba in Japan) een gezamenlijke voorloper hebben die in de zomer 2014 is ontstaan, hetgeen overeenkomt met uitwisseling van virussen tussen trekvogels die vanuit Siberië naar Europa of Japan trekken. Resultaten en conclusies van deze analyses waren van groot belang voor het onderbouwen en nemen van beheers­maatregelen.

In november 2014 werd er binnen 14 dagen op 5 verschillende pluimveebedrijven hoog pathogene Aviaire Influenza gedetecteerd. Voor het instellen van beleidsmaatregelen was het belangrijk om vast te stellen of deze besmettingen hadden plaats gevonden door versleping van het virus tussen de bedrijven of dat het virus op alle 5 de bedrijven vanuit de wilde vogel populatie was binnen gekomen (afzonderlijke introducties). Voor het beantwoorden van deze vraag is het nodig om het volledige genoom van de uitbraak virussen in kaart te brengen. Bij CVI zijn de technieken in huis om dit te doen en te analyseren.

Echter een deel van dit werk is nog niet gestandaardiseerd en afhankelijk van de ad hoc beschikbaarheid van expertisehouders. Door te investeren in de automatisering en standaardisatie van deze methode is een snelle uitvoering van deze analyses meer gegarandeerd en minder afhankelijk van de 24/7 inzet van individuele medewerkers. Voor de bestrijding van uitbraken in de toekomst is het van grote meerwaarde deze informatie op een snelle en betrouwbare manier te genereren. 

Publicaties