kip

Project

AI transmissie, integrale analyse

In 2003 infecteerde de HPAI-epidemie 255 Nederlandse pluimveebedrijven. Een goede analyse van gegevens is noodzakelijk voor het maken van betrouwbare schattingen. Dit leidt in de toekomst tot betere maatregelen ter preventie en bestrijding van infectieuze dierziekten.

Doelstelling project

In 2003 waren er in Nederland totaal 255 geïnfecteerde pluimveebedrijven als gevolg van de Hoog Pathogene Aviaire Influenza (HPAI) H7N7 epidemie. Van deze epidemie is een zeer complete gegevens-set beschikbaar, zoals de uitbraakchronologie en geografische gegevens. Kort geleden zijn bovendien de contact-traceringsgegevens uit 2003 en sequencing gegevens van isolaten beschikbaar gekomen. Door het gelijktijdig gebruik te maken van deze verschillende informatiebronnen, kan de virustransmissie tussen bedrijven beter geschat worden. Daarvoor wordt binnen dit project wordt een innovatieve statistische analysemethode ontwikkeld in een Bayesiaans framework.

Plan van aanpak

  • Het opstellen en programmeren van het framework voor een integraal analyseschema van tussen-bedrijfstransmissie.
  • Het valideren van een integraal analyseschema door toepassing op een beperkte set data (bijvoorbeeld uitbraakchronologie en geografische gegevens) en door te vergelijken met eerdere analyses.
  • Literatuurstudie naar geschikte criteria om genetische afstand te meten, rekening houdend met transities, transversies, deleties en omkeringen van de genetische code.
  • Het valideren van een integraal analyseschema met sequentiedata en vergelijken met eerdere analyses.
  • Het toepassen van verschillende criteria om genetische afstand te meten in een analyseschema.
  • Integrale analyse van HPAI H7N7 epidemie, gebruikmakend van alle beschikbare data (uitbraakchronologie, geografische gegevens, traceringsdata en sequentiedata)

De integrale analyse wordt binnen het CVI ontwikkeld, waarbij het inwinnen van advies plaatsvindt bij het RIVM als expert op het gebied van de technische aanpak (statistiek en programmering).

Resultaten (beoogd)

Een integrale  innovatieve statistische analysemethode, waarbij tussen-bedrijfstransmissieparameters (beter) worden geschat, heeft waardevolle kennis over transmissieroutes tot gevolg. Dit leidt tot betere maatregelen ter preventie en bestrijding van infectieuze dierziekten.

De onderzoekers leveren een wetenschappelijke publicatie over de integrale analyse van HPAI-gegevens.