Bevorderen gebruik van dierlijke ex situ collecties

Project

Bevorderen gebruik van dierlijke ex situ collecties

Stamboeken en rasorganisaties vragen in toenemende mate om gebruik van en inzicht in de genetische variatie in genenbankcollecties, ter ondersteuning van de fokkerij en het levend bewaren van rassen in situ. Bovendien neemt het aantal aanvragen van genetisch materiaal uit de genenbank voor wetenschappelijk onderzoek en experimenten toe. Het is daarom van belang dat zowel het genetisch materiaal zelf als de daaraan gekoppelde data goed toegankelijk zijn voor potentiële gebruikers (fokkerijorganisaties en onderzoekers). Ontwikkelingen in de genomica bieden nieuwe mogelijkheden om genenbankcollecties of rassen uitgebreider genetisch te karakteriseren.

Gebruik van genetisch materiaal uit de dierlijke genenbank - korte of langere termijn - wordt bevorderd door genenbankcollecties goed te documenteren en data toegankelijk te maken. Er is sprake van een groeiende vraag naar gebruik van genenbankmateriaal voor onderzoek en ter ondersteuning van het levend bewaren van zeldzame rassen in situ. Het is daarom van belang dat zowel het genetisch materiaal zelf als de daaraan gekoppelde data goed toegankelijk zijn voor de potentiële gebruiker en de beheerder van de genenbank. Dit project richt zich op het up-to-date houden en uitbreiden van gegevens over genenbankcollecties in de genenbankdatabase CryoWEB. Via een web portal (www.genebankdata.cgn.wur.nl) worden databases met genomische en andere genenbank gerelateerde data toegankelijk gemaakt. Dit draagt bij aan rationalisatie van genenbank collecties en een beter inzicht in genetische diversiteit van genenbankcollecties bij potentiële gebruikers.

Resultaten en Producten 2016

-      Ter ondersteuning van de fokkerij van zeldzame Nederlandse runder-, paarden- en varkensrassen zijn 76 doses sperma uitgegeven.

-      Genetische karakterisering rundercollectie: In samenwerking met CRV is van 722 stieren (alle stieren van Nederlandse rassen) één dosis sperma benut voor genotypering met de 50k SNP chip.

-      Varken en kip: Uitgifte en genotypering van 21 rietjes sperma van het Nederlands Landvarken; uitgifte van 52 rietjes van sperma van kippenrassen waarvan het DNA is gesequenced, gefinancierd vanuit het Horizon2020 IMAGE project.

-      Beter ontsloten en meer uitgebreide informatie over de genenbank collecties in CryoWEB. De genebankdata website is uitgebreid met een zoekfunctie.

-      Aanleveren van gegevens over de genenbankcollecties van CGN aan het Horizon 2020 IMAGE project

-      CryoWEB is overgegaan naar een nieuwe server met een nieuwer besturingssysteem

- Het database systeem BC|Data voor genomische data is uitgebreid getest.

Publicaties