Diagnostiek van Xanthomonas arboricola

Doelstellingen project

In opdracht van EZ het ontwikkelen van een snelle, gevoelige en betrouwbare TaqMan assay om Xanthomonas arboricola pathovar pruni (Xap), een quarantaine-organisme, te kunnen aantonen in Prunus. Daarnaast dient de verkregen test internationaal en nationaal te worden gecommuniceerd.

Aanpak en tijdspad

1. Evaluatie van de beschreven en beschikbare diagnostische testen (PCR) op Xap.
   
2. Participatie in een ringtest (Palacio-Bielsa et al.) om de bestaande PCRs met elkaar te vergelijken.
   
3. Selectie van twee target genen voor een specifieke, gevoelige en snelle detectie van Xap waar van een op het chromosoom is gelegen en/of de selectie van een interne PCR controle; dit moet leiden tot een multiplex TaqMan assay (in samenwerking met Euphresco II/COST873)
   
4. Testen van de ontwikkelde TaqMan op een beperkte collectie isolaten
   
5. Communicatie/overleg met partners
   

Resultaten

• In 2012: opleveren van een prototype TaqMan
• In 2013: het valideren (ism. partners NVWA en Naktuinbouw) van de ontwikkelde TaqMan PCR op o.a. praktijkmateriaal, en het controleren van met name de specificiteit aan de hand van genomische sequenties van enkele notoire kruis reagerende niet-Xap isolaten