Project

EU Decathlon

In het Decathlon-project wordt aan verschillende DNA-gebaseerde methoden gewerkt, op basis van
verschillende moleculair-biologische technieken. Door verschillende vraagstellingen te koppelen kan er een betere interactie en kruisbestuiving optreden omdat de basale detectievragen vaak vergelijkbaar zijn.

Binnen Decathlon wordt gewerkt aan efficiënte enkelvoudige en multimethoden op het terrein van
i) EHEC,
ii) niet-toegelaten GGO’s en de
iii) douane-issues tabak en beschermde diersoorten (CITES). Het RIKILT zal vooral betrokken zijn bij de laatste twee onderwerpen. De focus ligt bij het ontwikkelingen van multimethoden op basis van Next Generation Sequencing (NGS) en de bijbehorende bioinformatica. RIKILT coördineert dit Europese onderzoeksproject.

Publications

Next generation DNA sequencing based strategies; towards a new era for the traceability of endangered species and genetically modified organisms
Arulandhu, Alfred Joseph (2018) Wageningen University. Promotor(en): Saskia van Ruth, co-promotor(en): Esther Kok. - Wageningen : Wageningen University - ISBN 9789463433686 - p.
Development and validation of a multi-locus DNA metabarcoding method to identify endangered species in complex samples
Arulandhu, Alfred J. , Staats, Martijn , Hagelaar, Rico , Voorhuijzen, Marleen M. , Prins, Theo W. , Scholtens, Ingrid , Costessi, Adalberto , Duijsings, Danny , Rechenmann, François , Gaspar, Frédéric B. , Barreto Crespo, Maria Teresa , Holst-Jensen, Arne , Birck, Matthew , Burns, Malcolm , Haynes, Edward , Hochegger, Rupert , Klingl, Alexander , Lundberg, Lisa , Natale, Chiara , Niekamp, Hauke , Perri, Elena , Barbante, Alessandra , Rosec, Jean Philippe , Seyfarth, Ralf , Sovova, Tereza , Moorleghem, Christoff Van , Ruth, Saskia van , Peelen, Tamara , Kok, Esther (2017) GigaScience 6 (2017)10. - ISSN 2047-217X
ALF: a strategy for identification of unauthorized GMOs in complex mixtures by a GW-NGS method and dedicated bioinformatics analysis
Košir, Alexandra Bogožalec , Arulandhu, Alfred J. , Voorhuijzen, Marleen M. , Xiao, Hongmei , Hagelaar, Rico , Staats, Martijn , Costessi, Adalberto , Žel, Jana , Kok, Esther J. , Dijk, Jeroen van (2017) Scientific Reports 7 (2017). - ISSN 2045-2322 - 12 p.
SIGMO : A decision support System for Identification of genetically modified food or feed products
Bohanec, Marko , Boshkoska, Biljana Mileva , Prins, Theo W. , Kok, Esther J. (2017) Food Control 71 (2017). - ISSN 0956-7135 - p. 168 - 177.
Advances in DNA metabarcoding for food and wildlife forensic species identification
Staats, Martijn , Arulandhu, Alfred J. , Gravendeel, Barbara , Holst-Jensen, Arne , Scholtens, Ingrid , Peelen, Tamara , Prins, Theo W. , Kok, Esther (2016) Analytical and Bioanalytical Chemistry 117 (2016). - ISSN 1618-2642 - p. 4615 - 4630.
DNA enrichment approaches to identify unauthorized genetically modified organisms (GMOs)
Arulandhu, Alfred J. , Dijk, Jeroen P. van , Dobnik, David , Holst-Jensen, Arne , Shi, Jianxin , Zel, Jana , Kok, Esther J. (2016) Analytical and Bioanalytical Chemistry 408 (2016)17. - ISSN 1618-2642 - p. 4575 - 4593.