Project

Epidemiologie van bacterievuur

Bacterievuur is de belangrijkste plantenziekte bij appels en peren veroorzaakt door een bacterie. Recente nieuwe inzichten in het genoom van deze vruchtgewassen openen de weg naar meer gerichte opsporing van bacterievuur. Wageningen UR Praktijkonderzoek Plant & Omgeving ontwikkelt een set primers voor het isoleren van bacterievuur.

Doelstelling

Door toepassing van epidemiologische merkers (VNTR, CRISPR, SNP) kunnen Erwinia amylovora-isolaten worden gekarakteriseerd. Door meer informatie te verzamelen over de verspreiding en de verspreidingsroutes bij kwekers kunnen mogelijk preventieve maatregelen genomen worden om deze besmettelijke quarantaineziekte in te tomen.

Volgens EU-richtlijnen moeten als bewijs reinculturen van E. amylovora worden opgeleverd bij positieve reactie in de diagnostiek, zoals verdachte plantenmonsters van takken van appelbomen. Hiervoor moet het mogelijk zijn selectief E. amylovora op te kweken uit verdacht symptoomloos plantenmateriaal.

Erwinia amylovora (bacterievuur) is een quarantaineziekte in Nederland die veel schade aanricht in diverse houtige gewassen van de familie der Rosaceae, zoals  Malus, Pyrus, Cotoneaster, Crataegus, Sorbus.

Plan van aanpak

De keuringsdiensten (Naktuinbouw), de NVWA, en indirect telers van E.amylovora- gevoelige gewassen (fruitbomen) zijn partners binnen Euphresco II Phytfire.

In 2012 zijn bestaande kweekmedia geƫvalueerd. Hieruit is een verbeterde uitplaatmethode voortgekomen, de Spiral platertechniek.

In 2013 zal binnen het raamwerk van Euphresco II (Phytfire) gewerkt worden in samenwerking met Europese partners aan innovatieve methoden voor bronopsporing van Erwinia amylovora via onder meer fingerprint-methodes (MLVA-VNTR, SNP-analyse, CRISPR-merkers) om zo de epidemiologie van E. amylovora in Nederland en Europa te onderzoeken.

Achtereenvolgens worden de volgend activiteiten ondernomen:

  • Analyse van 20 gekarakteriseerde E. amylovora-isolaten via 5 VNTR-primer sets
  • Keuze van de beste sets voor verdere analyse
  • Toepassing van CRISPR primers op dezelfde collectie isolaten (Febr. 2013)
  • Mogelijke combinatie keuze van primer sets voor analyse; overleg binnen Euphresco II
  • Analyse van een grotere collectie E.amylovora isolaten, analyse van verantschap via software pakketten
  • Communicatie resultaten

Beoogde resultaten

Een subset primers komt beschikbaar, als tool voor de generatie van epidemiologische merkers/source tracking fingerprints voor isolaten van E. amylovora.

De verkregen kennis zal via begeleidingscommissie (Naktuinbouw, NVWA) en telerorganisaties binnen Nederland worden verspreid. Mogelijk zal een wetenschappelijke publicatie worden voorbereid.