Project
FARMED
In samenwerking met Europese partners uit het FARMED consortium worden protocollen opgesteld en getest voor Nanopore metagenoom sequencing.
Het OH-EJP project voorstel FARMED heeft zich voorgenomen om metagenoom sequencing op basis van Nanopore sequencing uit te gaan voeren op verschillende type monsters van landbouwhuisdieren en mensen in een samenwerking van 9 instituten verspreid over Europa. Hierbij zullen de benodigde protocollen gezamenlijk worden opgesteld en getest. Bioinformatica tools die specifiek worden ontwikkeld voor de analyse van metagenoom Nanopore data voor detectie van ARGs en de plasmiden zullen worden gebenchmarkt. Verder heeft het FARMED project als doel om metagenoom sequencing mogelijk te maken om on-site (op een boerderij of in een ziekenhuis) ARGs te detecteren. Hiervoor is het nodig om het DNA on-site voor te bereiden zonder lab-apparatuur. Ontwikkeling van protocollen om dit mogelijk te maken zijn bij een aantal partners in voorbereiding.