Project

Functionele microbiele gen catalogus microarray analyses

Bacteriën vormen het merendeel van de flora in de dikke darm en tot 60% van de droge massa van de ontlasting waarin tussen de 300 en 1000 verschillende soorten leven. De microbiota heeft een veelvoud aan functies zoals het fermenteren van ongebruikte energie substraten, trainen van het immuunsysteem, remmen of voorkomen van de groei van schadelijke pathogene bacteriën, maar ook het reguleren van de ontwikkeling van de darm zelf. De samenstelling van deze microbiota wordt ook geassocieerd met enkele stofwisselingsziekten.

De microbiële diversiteit kan worden gemeten door een bacterie-soort-specifiek stuk van het bacteriegenoom (16S) te amplificeren en te sequencen. M.b.v. deze techniek kan dan vervolgens het effect van interventies zoals b.v. het gebruik van voedings­supplementen of het gevolg van een infectie met een ziekteverwekker, op veranderingen in deze microbiële diversiteit (microbiota) worden bepaald en geanalyseerd.

De gemeten microbiële diversiteit  geeft echter nog geen informatie over de genen die onder de verschillende omstandigheden door de verschillende bacteriële species tot expressie worden gebracht. Dit, terwijl de te verwachten effecten van de microbiota op de gastheer met name het gevolg zullen zijn van de tot expressie gebrachte genen. In dit project hebben we zowel de microbiële diversiteit als de genexpressie van de microbiota in kaart gebracht. De genexpressie hebben we gemeten m.b.v. een microarray die binnen een ander project is ontwikkeld, maar ook door het geïsoleerde RNA te sequencen (RNAseq). Microarray analyses zijn over het algemeen gemakkelijk en kunnen relatief goedkoop op grotere schaal worden ingezet. RNAseq is veel duurder, maar zou meer informatie kunnen opleveren. De verkregen resultaten van beide methodes en de kosten zullen worden vergeleken.

Publicaties