Genome signatures AI en mycobacteriën

Project

Genome signatures AI en mycobacteriën

Snelle detectie en identificatie van pathogenen die belangrijk zijn voor de wettelijke overheidstaken en bedrijfsgebonden dierziekten is van groot belang. Binnen pathogene species is vaak een onderscheid te maken in virulente en minder-virulente fenotypen, wat van belang is voor het pakket van de te nemen bestrijdingsmaatregelen. Op dit moment worden dit soort virulente fenotypen veelal vastgesteld middels tijdrovende en kostbare diermodellen. Identificatie van virulentie eigenschappen zou breder, sneller en goedkoper vastgesteld kunnen worden middels genoom-gebaseerde analyses.

Voor veel pathogenen zijn deze met virulentie-geassocieerde eigenschappen nog onbekend terwijl wel duidelijk verschillende fenotypen te onderscheiden zijn. Om deze genomische met virulentie-geassocieerde eigenschappen te kunnen identificeren en associëren met een specifiek fenotype, zijn specifieke bio-informatische methoden nodig die nu nog niet routinematig beschikbaar zijn. Geïdentificeerde genomische eigenschappen vormen vervolgens de basis voor de ontwikkeling van snelle diagnostische testen en daarmee eventueel te nemen bestrijdingsmaatregelen.

Snelle detectie en identificatie

Snelle detectie en identificatie van pathogenen die belangrijk zijn voor de wettelijke overheidstaken en bedrijfsgebonden dierziekten is van groot belang. Binnen pathogene species is vaak een onderscheid te maken in virulente en minder-virulente fenotypen, wat van belang is voor het pakket van de te nemen bestrijdingsmaatregelen. Op dit moment worden dit soort virulente fenotypen veelal vastgesteld middels tijdrovende en kostbare diermodellen. Identificatie van virulentie eigenschappen zou breder, sneller en goedkoper vastgesteld kunnen worden middels genoom-gebaseerde analyses. Voor veel pathogenen zijn deze met virulentie-geassocieerde eigenschappen nog onbekend terwijl wel duidelijk verschillende fenotypen te onderscheiden zijn. Om deze genomische met virulentie-geassocieerde eigenschappen te kunnen identificeren en associëren met een specifiek fenotype, zijn specifieke bio-informatische methoden nodig die nu nog niet routinematig beschikbaar zijn. Geïdentificeerde genomische eigenschappen vormen vervolgens de basis voor de ontwikkeling van snelle diagnostische testen en daarmee eventueel te nemen bestrijdingsmaatregelen.

Publicaties