Innovaties in gewascollectie management

Project

Innovaties in gewascollectie management

De omgeving waarin het CGN haar collecties beheerd is aan constante veranderingen onderhevig. Met name de maatschappelijke en wetenschappelijke ontwikkelingen vragen om, en bieden nieuwe mogelijkheden voor, permanente aanpassingen van de methoden waarmee genetische diversiteit ex situ in stand wordt gehouden en beschikbaar wordt gemaakt. Deze hebben betrekking op de vorming van nieuwe type collecties, kennis opbouw en communicatie over de collecties, en veranderingen ten gevolge van wettelijke ontwikkelingen.

Het CGN zal haar rol als vernieuwende genenbank verder uitbouwen en zo beter inspelen op de veranderende behoeften van het bedrijfsleven, de wetenschap en de maatschappij.

  • Er zal meer worden ingespeeld op de behoefte vanuit de gebruikers aan andere type collecties, niet primair gericht op conservering, zoals onderzoekspopulaties voor kartering, homogene lijnen voor genotypering en fenotypering, maar ook collecties gericht op gebruik in het onderwijs en publieksvoorlichting.
  • De documentatie van de collecties van het CGN, en de beschikbaarstelling van de betreffende informatie aan gebruikers, zal worden onderhouden en waar mogelijk verbeterd.
  • Er zal actief en op groter schaal om feed-back van verschillende gebruikersgroepen op de inrichting van de CGN website worden gevraagd. Op basis hiervan zullen de CGN sites worden aangepast of vernieuwd.
  • Er zal, i.s.m. lopende initiatieven zoals DivSeek (initiatief Global Crop Diversity Trust e.a.) en het Virtual Lab for Plant Breeding (publiek/privaat initiatief), een prominente rol worden gespeeld in het zoeken naar en toepassen van benaderingen die de gebruikers van genenbanken optimaal in staat zullen stellen gebruik te maken van de kennis en data gegenereerd door de genomica en deze te combineren met traditionele phenotypische informatie.
  • Er zal aan de voorwaarden worden voldaan om in het kader van de Europese implementatie van het Nagoya protocol de CGN collecties de status van ‘Registered Collection’ te laten krijgen.
  • Tevens zal een systeem worden ingevoerd waarmee tegen minimale transactiekosten een handling fee van de gebruikers van de CGN collecties kan worden gevraagd, met het oog op het terugdringen van ongewenst gebruik.
  • Tenslotte zal de kennis over de CGN collecties verder worden uitgebouwd door een voortzetting van de pre-competitieve evaluatie programma’s i.s.m. met het veredelingsbedrijfsleven en Plantum, die waar mogelijk zullen worden uitgebreid met genotypering van de CGN collecties, evt. via TKI initiatieven.

Gerealiseerde producten 2018

  • De special collection van sla is verder uitgebreid en publiek beschikbaar gemaakt; Na een inventarisatie van ‘ander materiaal’ in de genenbank is een special collection gemaakt voor safety back-ups van andere genenbanken (uiteraard niet publiek toegankelijk); Initiatief tot opzet van special collection voor Capsicum; inventarisatie van onderzoekscollecties binnen WPR.
  • De CGN website en door CGN beheerde websites zijn goed onderhouden (van http naar https gemigreerd), en aangepast aan de nieuwe regelgeving (Algemene Verordening Gegevensbescherming). Er is een pagina toegevoegd over nieuw materiaal in de CGN collectie. De sla crop-portal is uitgebreid met taxonomische en genepool informatie.
  • Hoog niveau van het informatie management (GENIS) en de informatie verstrekking (GENIS-Web) gehandhaafd; Gegevens zijn ingevoerd, en het systeem is aangepast op de nieuwe procedures voor kiemkrachtbepaling; Op aanvraag van de ondertekenaar zijn pdf’s beschikbaar van click-wrap SMTA’s uit het verleden; Het onderzoek naar de wenselijkheid van Grin-Global migratie werd (bijna) afgerond.
  • Studie van de eerste sequencing sla data uit China (ihkv de samenwerking met BGI); aanstelling van een part time bioinformaticus.
  • Invoering van een ‘registered collection’ status voor de reguliere CGN-plant collecties is op verzoek van het opdrachtgevers overleg van LNV opgeschort. Wel zijn, om de juridische status van het CGN materiaal beter te documenteren, documenten over de herkomst van de accessies opgespoord.
  • Invoering van semi-automatische inning van ‘handling fees’ is op verzoek van het opdrachtgevers overleg van LNV voor onbepaalde tijd opgeschort.
  • Kennis over de CGN-plant collecties wordt verdiept met fenotypische gegevens voor spinazie, sla en capsicum. Tevens wordt samengewerkt met het Chinese BGI en diverse andere Europese (G2P-Sol) en Nederlandse initiatieven (TKI, LettuceKnow) gericht op het verzamelen van genomische en andere informatie.
  • Hoofd-editorschap van het wetenschappelijke tijdschrift ‘Plant Genetic Resources: Charaterisation and Use’, uitgegeven door Cambridge University Press.

Publicaties