Project

Ontwikkeling methoden Next Generation Sequencing toepassingen

Huidige inzichten op basis van beschikbare literatuur en ontwikkelingen in de sample opwerkmethodes maakt het nu mogelijk om binnen het CVI een agens zekere nucleinezuur extractie te kunnen uitvoeren. Het is daarom nu mogelijk om direct vanuit een sample de volledige genoom sequentie te kunnen bepalen van het virale agens met behulp van next generation sequencen. De tijd en kosten rovende procedure van het vermeerderen van het virus middels weefselkweek is hierbij overbodig geworden. Hierdoor kunnen we sneller inspelen op vragen vanuit de markt en uitbraaksituaties. Evenals wordt de mogelijke adaptatie van het virale genoom aan de groei op weefselkweek cellen hierbij uitgesloten.

Next generation sequencing van pathogenen heeft inmiddels een prominente rol binnen het CVI. Deze pathogenen zijn veelal afkomstig van veldsamples welke een scala aan verschillende andere bronnen voor genetisch materiaal zoals niet-pathogenen bevatten. Om het pathogeen te kunnen scheiden van de achtergrond (waaronder dat van de gastheer zelf) worden verschillende technieken gebruikt. Veel tijd en kosten gaan bijvoorbeeld op in het vinden van de juiste kweekcondities voor het isoleren van de verschillende virale pathogenen. Om sneller te kunnen reageren op vragen vanuit het veld of in het geval van uitbraak situaties, is het wenselijk om direct vanuit veldsamples het volledige genoom te kunnen bepalen van virale agentia. Momenteel zijn de nucleïnezuuropwerkmethoden nog niet geschikt om dit direct vanuit veel gebruikte monstermatrices zoals serum of feces te kunnen doen. Hiervoor dienen de bestaande opwerkmethoden voor de extractie van DNA/RNA van veldsamples verder te worden ontwikkeld zodat zonder specifieke kweekmethoden toch agens verrijking kan optreden ten opzichte van gastheer of andere niet-pathogene organismen.

Publicaties