Project

Ontwikkeling van een efficiënt data-analyse protocol voor NGS-gebaseerde GGO-screening voor diervoeders in Nederland

Om effectief op de aanwezigheid van toegelaten en niet-toegelaten genetisch gemodificeerde organismen (GGO’s) te kunnen screenen in diervoeders en voedingsmiddelen is het noodzakelijk om steeds meer afzonderlijke analyses uit te voeren. Op dit moment wordt de screening uitgevoerd op basis van real-time PCR (Polymerase Chain Reaction)-analyses waarvoor de meest voorkomende GGO elementen worden gebruikt.

Op basis van deze element-screening wordt bepaald of er zich mogelijk niet-toegelaten GGO’s in een monster kunnen bevinden. Het is de verwachting dat dit in de (nabije) toekomst efficiënter kan door gebruik te maken van geavanceerde Next Generation Sequencing (NGS)–strategieën. Dit project richt zich er op om ten behoeve van de GGO-screening in diervoeders protocollen te ontwikkelen voor NGS data-analyse ter vervanging van de huidige real-time PCR screening.

Aanpak

Binnen dit project worden NGS data-analyse protocollen ontwikkeld voor toegelaten en niet-toegelaten GGO’s en onbekende GGO’s. Deze data-analyse protocollen worden opgezet in samenwerking met onderzoeksprojecten waarin moleculaire assays voor verrijkingsstrategieën worden ontwikkeld voor GGO-gebaseerde DNA-sequenties, o.m. het Europese Decathlon-project.

Resultaten

  • Software voor een NGS-gebaseerd data-analyse protocol voor de detectie en identificatie van bekende (toegelaten en niet-toegelaten) GGO’s.
  • Een protocol voor NGS-gebaseerde data analyse voor de identificatie van onbekende GGO’s.

Publicaties