Optimal diagnostics by using innovative detection methods

Project

TU-16022 Optimale diagnostiek door gebruik innovatieve detectiemethoden

Om de kwaliteit van ons uitgangs- en plantaardig materiaal te kunnen blijven garanderen voor export en om eigen teelten te vrijwaren van schadelijke organismen, is vroegtijdige detectie en diagnose van quarantaine- en kwaliteitsorganismen (Q- en K) in plantaardig (uitgangs-)materiaal en ook in substraat noodzakelijk.

Innovaties op het gebied van detectie en diagnostiek zijn essentieel om de prominente positie, die Nederland momenteel inneemt in de wereldhandel van plantaardige producten en uitgangsmateriaal, te ondersteunen en verder uit te bouwen.

Afstemming over onderzoekstechnieken

De afgelopen jaren zijn op het gebied van diagnostiek diverse innovatieve onderzoeksmethoden m.b.v. Next Generation Sequencing (NGS) ontwikkeld. Deze technieken hebben een enorme potentie en zouden voor diagnostiek veel breder ingezet kunnen worden. Hiervoor is het wel belangrijk dat er goede afstemming is tussen de verschillende partijen en er standaardisatie van procedures en analyse methodieken, inclusief settings, komt. De samenwerking zoals vormgegeven in deze PPS met de belangrijkste keuringsdiensten en Wageningen University & Research zou hierin een belangrijke internationale rol kunnen vervullen. Om NGS breed voor Diagnostiek in te kunnen zetten moet verder fundamenteel onderzoek worden verricht. Gebruik van deze nieuwe methodieken zal, in combinatie met meer traditionele technieken, doelmatig en in samenhang met de gehele keten moeten worden ingezet (monstername, extractie, toets en analyse). Welke methodieken zet je dan het meest effectief in en waar in de keten?

Alle puzzelstukjes bekijken

Daarnaast is gebleken dat NGS nieuwe inzichten geeft in detectie en diagnostiek bijvoorbeeld op het gebied van verwantschap versus pathogeniteit/functie. Het gebruik van genoominformatie t.o.v. het huidige gebruik van een enkel gen of enkele genen (zogenaamde barcodes) voor de diagnostiek. Dit noemt men PanGenomics. De meerwaarde is dan, om in plaats van naar één stukje van de puzzel te kijken, naar alle stukjes van de puzzel wordt gekeken, ook in hun onderlinge samenhang. Zo ontstaat een totaal beeld, welke de mogelijkheid biedt om zaken beter te controleren of te valideren.

Publicaties