Nieuws
DNA-sequenties van de CGN slacollectie
Behalve het beheren van de genenbank, wordt door het Centrum voor Genetische Bronnen, Nederland (CGN) ook onderzoek uitgevoerd aan de collecties. Recent zijn de DNA-sequenties van een deel van de slacollectie bepaald. Met behulp van deze informatie kunnen planteigenschappen gekoppeld worden aan specifieke genen.
DNA-sequenties geven de volgorde aan van de nucleotiden waaruit het DNA van een organisme is opgebouwd. De analyse van DNA-sequenties helpt om inzicht te krijgen in de genen die verantwoordelijk zijn voor de eigenschappen van dat organisme, en de variatie die daarvoor bestaat. Het kan gaan om morfologische eigenschappen zoals kleur, grootte en vorm, maar ook hoe goed een gewas bestand is tegen droogte of ziektes. Zo kan bijvoorbeeld gezocht worden naar variatie in genen die verantwoordelijk zijn voor resistentie tegen valse meeldauw, een schimmelachtige ziekte die veel schade kan aanrichten in sla.
Hoe groter de kennis over de genetische basis van eigenschappen, hoe efficiënter er betere rassen ontwikkeld kunnen worden door veredelaars. Daarnaast kunnen DNA-sequenties gebruikt worden voor wetenschappelijk onderzoek en voor het verbeteren van het beheer van collecties door genenbanken. Het CGN levert vanuit de genenbank genetisch materiaal aan veredelaars en onderzoekers.
DNA-sequenties van de CGN-collectie
In samenwerking met het Beijing Genomics Institute (in Shenzhen, China) zijn de DNA-sequenties van een deel van de CGN slacollectie bepaald en opgeslagen in een publiekelijk toegankelijke database. Deze eerste set heeft betrekking op 445 accessies, waarvan aan één enkele plant de DNA sequenties zijn bepaald en nakomelingen door zelfbevruchting zijn gemaakt (single seed descent lijnen, SSD). De nakomelingen van die ene plant zijn in het algemeen identiek aan elkaar en aan de ouderplant. Dit betekent dat als de DNA sequentie van de ouderplant bekend is, deze hetzelfde is voor alle nakomelingen van de betreffende SSD lijn. Hierdoor kunnen nieuwe data over eigenschappen van de nakomelingen steeds worden gekoppeld aan de bekende DNA sequentie. Deze SSD lijnen worden bijvoorbeeld gebruikt in onderzoek naar het verbeteren van slarassen, zoals in het project LettuceKnow, Science-based improvement of salad.
De DNA sequentie van 1000 andere slamonsters uit de CGN collectie is ook bepaald en op dit moment worden nog eens 1100 monsters onderzocht. Alle DNA sequenties zullen publiekelijk toegankelijk worden, zodat onderzoekers en veredelaars hier gebruik van kunnen maken.