Nieuws

Nieuwe software voor genetisch beheer in (kleine) populaties

Gepubliceerd op
30 september 2021

Als dieren dezelfde voorouders hebben kan dat gezondheidsproblemen opleveren voor het ras of de populatie. Een te snel oplopende inteelt leidt tot mindere prestaties (inteelt depressie), verlies aan diversiteit en het plotseling te voorschijn komen van genetische gebreken. CGN heeft gebruikersvriendelijke computerprogramma’s ontwikkeld om beheerders van populaties en onderzoekers te helpen.

Retriever en Pointer

Twee vragen zijn belangrijk voor het beheer van kleine populaties 1) wat is de status van mijn ras/populatie met betrekking tot inteelt? en 2) wat is het effect van maatregelen om de toename in inteelt te beteugelen. Bij de te nemen maatregelen kun je denken aan een dekbeperking voor populaire mannelijke dieren of het instellen van een fokcirkel of sturen op verwantschappen. Het software programma Retriever genereert informatie over populatiestructuur en inteelt uit de stamboomgegevens, en dan krijg je informatie over bv het aantal geboren dieren per jaar en het aantal dieren dat zelf nakomelingen krijgt. En het software programma Pointer gebruikt computersimulatie om te voorspellen wat het effect kan worden van verschillende genetisch beheersmaatregelen, zodat je alvast een indruk kan krijgen over de effectiviteit van een te nemen maatregel. Ook kunnen genetische gebreken en andere variaties op het DNA geanalyseerd worden. Beide programma’s kunnen populaties analyseren die bestaan uit verschillende groepen dieren zoals kuddes of populaties in verschillende landen  met een verschillende mate van uitwisseling.

Voor elke diersoort

De software is in eerste instantie ontworpen voor hondenrassen, maar kan gebruikt worden voor elke soort die door de mens gehouden wordt, zowel voor huisdieren, dieren uit de veehouderij en dierentuindieren. De software is uitgebreid getest in  studentenprojecten voor honden, runderen, paarden, ezels en schapen. De programma’s draaien vlot op de gemiddelde laptop van een student. De aansturing van de programma’s is relatief eenvoudig en gaat met behulp van een grafische gebruikersomgeving. Retriever is over het algemeen binnen een kwartier klaar voor stambomen tot 25 000 dieren. De grootste stamboom tot nu toe geanalyseerd bestand uit 766 356 dieren geboren in de afgelopen 140 jaar, en duurde 13 uur. Simulaties in Pointer van een populatie waarin jaarlijks 500 dieren worden geboren, nagebootst voor 100 jaar en 50 herhalingen zijn ook binnen een kwartier klaar. De software is nu internationaal beschikbaar, zowel in het Nederlands als Engels en kan gratis gedownload worden via:  

Literatuur

1. Windig, J.J.; Hulsegge, I. Retriever and Pointer: software to evaluate inbreeding and genetic management in captive populations. Animals 2021, 11, 1332. https://doi.org/10.3390/ani11051332

2. Windig, J.J.; Verweij, M.J.W.; Oldenbroek, J.K. Reducing inbreeding rates with a breeding circle: Theory and practice in Veluws Heideschaap. J. Anim. Breed. Genet. 2019, 136, 51–62, doi:10.1111/jbg.12371.

3. Kappelhof, J.; Windig, J.J. Controlling inbreeding rate in the European zoo population of Hamadryas baboons Papio hamadryas with a breeding circle. J. Zoo Aquar. Res. 2021, 9, 26–34, doi:10.19227/jzar.v9i1.585.

4. Windig, J.J.; Doekes, H.P. Limits to genetic rescue by outcross in pedigree dogs. J. Anim. Breed. Genet. 2018, 135, 238–248, doi:10.1111/jbg.12330.

5. Windig, J.J.; Oldenbroek, J.K. Genetic management of Dutch golden retriever dogs with a simulation tool J. Anim. Breed. Genet. 2015, 132, 428–440, doi:10.1111/jbg.12149.

6. Windig, J.J.; Eding, H.; Moll, L.; Kaal, L. Effects on inbreeding of different strategies aimed at eliminating scrapie sensitivity alleles in rare sheep breeds in The Netherlands. Anim. Sci. 2004, 79, 11–20.