Delen is het nieuwe hebben next generation sequencing NGS WUR

Nieuws

Delen is het nieuwe hebben

Gepubliceerd op
19 juli 2019

Next generation sequencing (NGS) is de verzamelnaam voor verbluffend snelle én goedkope technieken om DNA-codes van levende en dode organismen af te lezen. Koplopers moeten zich blijven doorontwikkelen, want de techniek ontwikkelt zich razendsnel en de houdbaarheidstermijn van apparatuur is kort. Dan heeft het zo zijn voordelen om onderzoeksfaciliteiten te delen, ervaren Wageningen University & Research en BaseClear.

Bas Reichert is CEO van BaseClear, het Leidse genomics-bedrijf dat het DNA van ‘alles wat leeft’ in kaart brengt. “We hebben een sterke focus op kleine beestjes, zoals bacteriën, schimmels en algen”, legt Reichert uit: “Deze micro-organismen worden veel gebruikt voor fermentatie, bijvoorbeeld voor de productie van yoghurtjes en kazen. Daarnaast doen we bijvoorbeeld veel onderzoek naar het microbioom, oftewel de bacterievorming in darmen en huid en in de bodem rond planten. We werken voor tal van internationale opdrachtgevers, van zuivelbedrijven tot academische onderzoekscentra en van zaadveredelaars tot biotechbedrijven.”

Wageningen University & Research en BaseClear delen onderzoeksfaciliteiten

Waar BaseClear zich vooral richt op onderzoek naar micro-organismen, brengt biowetenschapper Elio Schijlen met zijn onderzoeksgroep (Bioscience) van Wageningen University & Research volledige, complexe genomen van planten in kaart. Met de kennis die dit oplevert, kunnen plantenveredelaars bijvoorbeeld sneller nieuwe gewaslijnen ontwikkelen. “Op het gebied van NGS zijn we complementair aan BaseClear”, aldus Schijlen. “Wat we gemeen hebben, is dat we beide aan de voorzijde van de technologische ontwikkeling zitten. Daar moet je constant blijven verfijnen, wat met oude machines niet lukt. En in onze tak van sport zijn machines al snel ‘oud’.”

Tal van voordelen

Dat verbeterde en nieuwe technieken zich zo snel aandienen, levert voor beide organisaties een dilemma op. Reichert: “Je moet investeren in nieuwe faciliteiten, maar tegelijkertijd moet je keuzes maken, want NGS-apparatuur is extreem prijzig. Voor ons zou het betekenen dat we een keuze voor één machine zouden moeten maken en daarmee ook voor één type onderzoek. Maar de markt biedt ruimte voor een breder portfolio en die ruimte willen we graag benutten.”

De oplossing bleek simpel: samenwerken. Onder de noemer WUR, Shared Research Facilities kunnen bedrijven en onderzoekers gebruikmaken van hightechapparatuur en -faciliteiten op de campus van Wageningen University & Research en op een klein aantal plekken daarbuiten, zoals bij het Ziekenhuis Gelderse Vallei. Dit gebeurt op verschillende terreinen, waaronder NGS. Daniella Stijnen, accountmanager Shared Research Facilities: “Shared Research Facilities is opgericht, omdat het Ministerie van Economische Zaken & Klimaat en de provincie Gelderland graag zien dat hightech onderzoeksfaciliteiten zoveel mogelijk gedeeld worden en hiervoor subsidie ter beschikking hebben gesteld. Voor bedrijven heeft dit tal van voordelen, zoals lagere investeringskosten en toegang tot de nieuwste apparatuur. Bovendien maak je zo veel efficiënter gebruik van de beschikbare capaciteit, waarbij je alleen betaalt voor de uren dat je het apparaat gebruikt. De uren dat een apparaat ongebruikt is, worden gedekt door de subsidie die door Shared Research Facilities wordt verstrekt. Op basis van vooraf ingeschat gebruik delen we de kosten met partners. BaseClear is een van onze partners waarmee we NGS-apparatuur delen.”

De oplossing bleek simpel: samenwerken

In Wageningen én Leiden

In Wageningen staat de PacBio-Sequel, het NGS apparaat dat door Shared Research Facilities is gefinancierd en waar BaseClear gebruik van maakt. BaseClear heeft in haar eigen lab de NovaSeq staan, waarvoor het zelf de financiering heeft geregeld. Doordat de samenwerking met de onderzoeksgroep Bioscience van WUR zo goed liep, wordt er nu ook op dit apparaat samengewerkt. Elio Schijlen legt uit: “DNA in kaart brengen, gebeurt in kleine stukjes. Met het apparaat in Wageningen brengen we grote fragmenten van één DNA-streng in kaart: het is bij uitstek geschikt voor zogenoemde ‘de novo-toepassingen’, waarbij je een genoom vanaf nul in kaart wilt brengen. Met het systeem in Leiden kunnen we kleine sequenties van heel veel organismen tegelijkertijd maken. Beide systemen hebben hun voor- en nadelen, maar de combinatie is uiterst interessant.”

De samenwerking verloopt soepel, stelt Schijlen: “Meestal kondigen we in een mailtje aan dat we bezig zijn met het voorbereiden en opwerken van samples, waarna er machinetijd wordt gereserveerd.” Reichert vult aan: “Natuurlijk zijn er goede contractuele afspraken gemaakt, bijvoorbeeld over dataveiligheid. De GLP-regelgeving waar wij als bedrijf aan willen voldoen, vraagt om heldere afspraken over datagebruik en toegang tot systemen. Dit soort zaken hebben we onderling goed geregeld. Het belangrijkste is dat er volledig vertrouwen is. Is dat er niet, dan werkt het niet.”

Concurrentie zit niet stil

Het delen van faciliteiten is voor BaseClear cruciaal om te kunnen overleven in een zwaar concurrerende markt. Reichert: “De concurrentie in landen als China en Zuid-Korea zit niet stil. Als Nederlandse spelers redden we het niet als we allemaal blijven vasthouden aan ons eigen lab. Dankzij de samenwerking met Wageningen University & Research kunnen wij onze klanten een breder productaanbod bieden dan wanneer we alleen onze eigen onderzoeksfaciliteiten kunnen gebruiken. Het maakt ons voor de klant aantrekkelijker en verstevigt onze positie.”

Voor Wageningse onderzoekers die sequencingwerk te doen hebben, is het nu ook mogelijk om hun analyses op de NovaSeq in Leiden uit te voeren. Dankzij de samenwerking met BaseClear hebben onderzoekers dus een extra faciliteit die zeer geavanceerde analyses mogelijk maakt, aanvullend op de analyses die in Wageningen worden uitgevoerd.

Kortom: biedt onderzoeksfaciliteiten delen voordelen? Schijlen en Reichert kunnen het alleen maar  beamen: “Ook al heb je zelf niet de nieuwste apparatuur in je lab staan, je kunt er wel over beschikken. Dat levert je zowel als onderzoeksinstelling als ook als bedrijf een concurrentievoordeel op.”