Genetic variation of wildlife of human-dominated landscape. Genome-wide SNP analysis of wild boar (Sus scrofa) and red deer (cervus elaphus) from the Eurepean continent

Promotie

Genetic variation of wildlife in a human-dominated landscape. Genome-wide SNP analysis of wild boar (Sus scrofa) and red deer (cervus elaphus) from the European continent

Promovendus dr. JF (Joost) de Jong
Promotor prof.dr. HHT (Herbert) Prins
Copromotor dr. WF (Pim) van Hooft
dr.ir. HJWC (Hendrik-Jan) Megens
dr. SE (Sip) van Wieren
Organisatie Wageningen University, Leerstoelgroep Resource ecology
Datum

ma 3 december 2018 13:30 tot 15:00

Locatie Aula, gebouwnummer 362
Generaal Foulkesweg 1
362
6703 BG Wageningen
0317-483592

Samenvatting

Hoe ‘natuurlijk’ is de genetische variatie van wilde dieren in een door mensen gedomineerd landschap? In mijn proefschrift bestudeer ik hoe de genetische variatie van Europese wilde zwijnen en edelherten wordt gevormd door zowel geografische als menselijke invloeden. Ik maak hierbij gebruik van tienduizenden merkers per dier (zogenaamde Single Nucleotide Polymorphism, SNP). Door honderden dieren van tientallen populaties te genotyperen, bepaal ik de genetische variatie en structuur van wilde zwijnen verspreid over heel Europa. Met behulp van een simulatie laat ik zien hoe deze structuur is en wordt gevormd door historische ijstijden en de huidige topografie van continent Europa. Door in te zoomen op specifieke edelhert en wild zwijnpopulaties van Noordwest-Europa toon ik vervolgens aan dat op kleine schaal de genetische variatie is aangepast door uitroeiingen, verplaatsingen, fragmentatie en hybridisatie. Met name fragmentatie en bottlenecks blijken een grote invloed te hebben: In de meeste geïsoleerde en gebottleneckte populaties blijken dieren net zo ingeteeld als nakomelingen van halfbroers en -zussen.