High-throughput open source computational methods for genetics and genomics

Promotie

High-throughput open source computational methods for genetics and genomics

Promovendus JCP (Pjotr) Prins
Promotor prof.dr.ir. J (Jaap) Bakker
Copromotor dr.ir. G (Geert) Smant
Copromotor prof. dr RC Jansen
Organisatie Wageningen University & Research, Laboratorium voor Nematologie
Datum

ma 5 oktober 2015 16:00 tot 17:30

Samenvatting

Biologisch onderzoek wordt steeds meer gedomineerd door de data gegenereerd door DNA sequencers en andere machines. Door software te schrijven en analyses uit te voeren met moleculaire biologen werden nieuwe inzichten opgedaan in de biologische processen in nematodes (wormen) en planten. De software-oplossingen werden gepubliceerd in de publieke domein, zo dat anderen soortgelijke analyses kunnen uitvoeren wat belangrijk is voor het globale onderzoek. Onderhavig proefschrift droeg bijvoorbeeld bij aan de bekende R/qtl software om nauwkeuriger te bepalen hoe DNA correleert aan gen expressie. Ook werden oplossingen bedacht voor het opschalen van calculaties door middel van het gebruik van meerdere processors in een computer. Verder werden bottlenecks in grootschalige calculaties en de behoefte aan software ontwikkeling in be biomedische wetenschap ter discussie gesteld.