Activiteit
Van Twitterbericht tot community-gedreven annotatiemarathon: De totstandkoming van MIBiG 3.0
Biosynthetische genclusters (BGC's) zijn genetische eenheden die coderen voor de productie van natuurlijke producten: gespecialiseerde metabolieten met een breed scala aan maatschappelijk relevante functies, waaronder antibiotica, antimalaria, antischimmel en herbicide eigenschappen.
Omschrijving
Nu de kosten van genoomsequenties nog nooit zo laag zijn geweest, is BGC-detectie uit sequentiedata een standaardstap geworden in de ontdekking van natuurlijke producten. Om het mogelijk te maken een genoom gemakkelijk te kruisen met experimenteel gekarakteriseerde BGC's, werd in 2018 de minimuminformatie over een biosynthetische gencluster (MIBiG: Minimum Information about a Biosynthetic Gene cluster (secondarymetabolites.org)) standaard gedefinieerd, met een bijbehorende database die vergelijking van nieuwe en eerder gevalideerde BGC's vergemakkelijkt.
Voor MIBiG 3.0 peilden we via Twitter de interesse om mee te doen aan onze annotatie-inspanningen. In plaats van het kleine handjevol mensen dat we verwachtten, toonden 86 annotators belangstelling, waaronder veel experts op dit gebied. Met een 8-voudige toename in mankracht vergeleken met voorgaande jaren, hebben we de grootste database update tot nu toe gemaakt, met 661 nieuwe entries en 4871 afzonderlijke datapunten toegevoegd aan de database. In deze lezing zal Barbara Terlouw bespreken hoe zij 86 onderzoekers uit vier continenten mobiliseerde en coördineerde om hun inspanningen te bundelen in deze gigantische annotatie-inspanning, en hoe wij gedurende het hele proces een consistente annotatiekwaliteit garandeerden.