650.000 genetische verschillen op één vierkante centimeter

Prof. dr. Martien Groenen van de leerstoelgroep Fokkerij en Genetica, heeft samen met het bedrijf Affymetrix een chip ontwikkelt die in één keer 650000 plekken op het DNA van een varken in kaart brengt. Hij verwacht dat vooral onderzoekers die genetische verschillen tussen varkens willen begrijpen, geholpen zijn met de nauwkeurige meetmethode.

Groenen stond ook al aan de wieg van de chip die nu het meest gebruikt wordt voor genetisch onderzoek bij varkens, de PorcineSNP60 van het bedrijf Illumina. Daarmee kunnen fokkers 60000 plaatsen in het DNA van het varken onderzoeken.

Groenen is een vooraanstaand onderzoeker. Hij was onder andere de eerste auteur van de publicatie van het eerste complete genoom van het varken in 2012. Groenen gebruikte een deel van de ERC beurs die hij in 2009 kreeg van de Europese Unie (2,5 miljoen euro), voor het sequencen van het DNA van 300 varkens. Het DNA van de 300 dieren verschilde op ongeveer 80 miljoen plaatsen van elkaar. Voor de nieuwe chip zocht hij de 650000 verschillen die het best bruikbaar zijn voor genetisch onderzoek. "We hebben verschillen gezocht die regelmatig voorkomen en die goed verspreid liggen over het genoom." De nieuwe chip gaat geproduceerd worden door het Amerikaanse bedrijf Affymetrix. "Zij zijn natuurlijk ook betrokken geweest bij de selectie van de verschillen, om te zorgen dat we alleen technisch goed detecteerbare verschillen zouden gebruiken."

Groenen verwacht dat veel varkensfokkers voorlopig nog de oude goedkopere chip zullen gebruiken. "Maar voor onderzoekers die bijvoorbeeld op zoek zijn naar de genen die betrokken zijn bij een kernmerk zoals groei, of berengeur, helpt het om het DNA op meer plekken tegelijk te screenen. Dat levert betrouwbaardere resultaten op want daarvoor is een veel hogere resolutie nodig."