Genenbank bereidt zich voor op de grote datavloed

Het Centrum voor Genetische bronnen Nederland (CGN) werkt aan een nieuw zoeksysteem dat plantenveredelaars in staat stelt om snel de juiste genen te vinden in de enorme collectie van de genenbank.

Het CGN richt zich op het behouden van zeldzame rassen van landbouwhuisdieren, maar vooral op het verzamelen en onderhouden van een collectie van groentezaden. Het centrum heeft 24 duizend oude en nieuwe variëteiten en hun wilde verwanten verpakt in 250.000 zakjes met zaden.

Tot dusver is het werk van de meeste genenbanken in de wereld niet veel anders dan veertig jaar geleden. De hoofdtaak is het bewaren van de collectie, en de zaden toegankelijk houden voor plantenveredelaars. Om de kiemkracht van de zaden in de collectie op peil te houden, zaaien genenbanken het zaad regelmatig uit, kweken planten op, en winnen nieuw zaad dat de vriezer weer in gaat. Van elke 'accessie' beschrijft de genenbank de uiterlijke kenmerken, de vindplaats en andere gegevens van het zaad.

Revolutie van de genenbank

De revolutie van de genomics is de genenbank tot dusver ontgaan, zegt onderzoeker Theo van Hintum van het CGN. Maar dat gaat veranderen. 'Er komt een enorme vloed van gegevens aan uit het onderzoek naar de genomen van de gewassen die wij beheren.' Het eerste grote project waarbij de twee werelden bij elkaar komen is een onderzoeksproject dat mede gefinancierd wordt door Nederlandse veredelingsbedrijven waarin de genetische gegevens van 500 soorten sla uit de collectie van het CGN worden bepaald. Die gegevens zijn van groot belangrijk voor veredelaars, maar het project is volgens Van Hintum vooral een vingeroefening voor vergelijkbare projecten in de toekomst. "We werken aan een systeem waarin de gegevens over de genomen op zo’n wijze toegankelijk worden gemaakt dat ze snel te doorzoeken zijn op mogelijk interessante eigenschappen." Hiervoor wordt nu, in samenwerking met de Business Unit Plantenveredeling al gewerkt met de gegevens over 150 tomaten, maar met de sla gegevens zullen de contouren van het systeem echt zichtbaar worden.

Waardevergroting genenbank met genomics

Dat zal de waarde van de collectie enorm vergroten, verwacht hij. Aan de uiterlijke kenmerken van planten is lang niet altijd te zien welke genetische schatten ze verbergen. "Een aantal jaren geleden is onderzoek verschenen waarin werd aangetoond dat in een wilde tomaat met hele kleine vruchten genen zitten die in commerciele tomatenrassen juist zorgen voor grotere vruchten. Dat zie je alleen als je beschikt over de genetische code van die rassen, en die code kunt kraken. Wij verwachten de waarde van onze collectie enorm te vergroten met genomics."