Nieuws

ImageJ plugin voor rassenonderzoek uitgebreid met module voor ui

Gepubliceerd op
17 maart 2014

Voor kwekersrecht onderzoek moeten veel plantkenmerken worden gemeten om onderscheid tussen rassen, en uniformiteit en stabiliteit van een ras te beoordelen. De kenmerken zijn beschreven in richtlijnen en protocollen per gewas, die zijn opgesteld door internationale organisaties, zoals Union for the Protection of New Varieties of Plants (UPOV) en Community Plant Variety Office (CPVO). Het beeldanalysesyteem, dat voor het meten wordt gebruikt, is uitgebreid met een module om uienrassen te meten

Enkele kenmerken, die verband houden met de vorm van de gewassen, zijn vervelend om te meten met de hand en moeten worden gemeten op een objectieve en reproduceerbare manier. Het gebruik van beeldanalyse leidt tot een significante afname van de tijd die nodig is voor het meten van de eigenschappen (fenotypering). Bovendien zijn resultaten verkregen door beeldanalyse veel nauwkeuriger dan de resultaten van handmatige metingen. In het verleden is samen met Naktuinbouw een gebruiksvriendelijke beeldanalysesysteem ontwikkeld voor de registratie en analyse van beelden met behulp van een standaard camera. Deze software is geïmplementeerd als een plugin voor het populaire opensource beeldverwerkingspakket ImageJ. UPOV kenmerken kunnen worden gemeten voor vlas, bonen, suikerbieten en wortelen.

Beeldanalysesyteem uitgebreid met module om uienrassen te meten

Onlangs is de plugin uitgebreid met een module om uienrassen te meten. Met behulp van de eerste- en tweede orde afgeleiden van de buitencontour van de uienbol kan een aantal belangrijke UPOV functies worden gemeten. Een nieuwe functie van de plugin is de mogelijkheid om vormen van verschillende rassen te groeperen met behulp van K-means clustering op de gemiddelde contour van elk ras. Deze functie geeft inzicht in hoe de rassen verschillen van elkaar en fungeert als een waardevol fenotyperings hulpmiddel voor kwekers en kwekersrecht onderzoek.

Foto internetbericht Gerrit Polder.png