Inauguratie prof. Dick de Ridder - Bioloog wordt steeds meer een datawetenschapper

Persbericht

Inauguratie prof. Dick de Ridder - Bioloog wordt steeds meer een datawetenschapper

Gepubliceerd op
30 april 2015

De biologie krijgt snel het karakter van een datawetenschap. Miljarden gegevens over genomen, genen, eiwitten en andere moleculen worden in grote bestanden bij elkaar gebracht en systematisch onderzocht. Dit moet leiden tot meer basiskennis en begrip van levende organismen waarvan gewassen en vee aan de basis staan van de voedselvoorziening van de wereldbevolking. Dat zegt prof.dr.ir. Dick de Ridder in zijn inaugurele rede bij de aanvaarding van het ambt van hoogleraar Bioinformatica aan Wageningen University op 30 april.

In zijn rede ‘Biologie als data science – Of: Zen en de kunst van de bioinformatica’ gaat prof. De Ridder in op de onstuitbare groei van gegevens over genomen, eiwitten en cellen, die de zgn. Wet van Moore over de kosten voor micro-elektronische rekenkracht, verre overtreft. Terwijl de ontrafeling van de ruim drie miljard bouwstenen van het menselijke genoom (1990-2003) ongeveer 2,7 miljard dollar kostte, zijn die kosten in 2014 voor hetzelfde genoom nog amper vierduizend dollar. De geleidelijke kostendaling maakte een enorme stijging van de hoeveelheid gegevens mogelijk, zodat we inmiddels het genoom van vele tienduizenden organismen kennen. Het in kaart brengen van het complexe tomatengenoom kostte een internationaal project vijf jaar, tegenwoordig zijn de genomen van 150 verschillende tomaten in een jaar af te lezen. “De verwachting is dat we dit jaar een miljoen miljard ofwel 25 petabasen aan DNA kunnen aflezen”, becijfert prof. De Ridder.

Big data

Al die gegevens uit analysetechnieken over de eigenschappen, structuur en functies van tienduizenden moleculen in cellen, worden opgeslagen in enorme databases. Die onvoorstelbare hoeveelheid gegevens wordt ook wel aangeduid als ‘big data’. Daarvoor is een aparte ‘omgangsvorm’ vereist. “Het is de kunst van de bioinformaticus,” zegt prof. De Ridder, “om op basis van de terabytes aan oorspronkelijke data nieuwe biologische hypotheses op te stellen. Waar nu biologen data-analyse vaak uitbesteden aan bioinformatici, verwacht ik dat er steeds meer onderzoekers vanachter hun computer voorspellingen opstellen en laten valideren via uitbestede experimenten”.

Om van data naar begrip te komen ziet prof. De Ridder een bewerkingsproces in enkele stappen, waarbij ‘de informaticus in de richting van de bioloog moet bewegen’. “In zekere zin is die beweging van een reductionistische naar een holistische aanpak. Een bewerking van de biologische gegevens op het diepste niveau, zoals DNA-basenparen, heeft dan ook alleen zin als er modellen van biologische processen mee zijn te bouwen en de voorspellingen daaruit getoetst kunnen worden. Dat kan fundamenteel inzicht opleveren,” meent de hoogleraar. “Omgekeerd kan een bioloog het zich niet langer permitteren voorspellingen van modellen te accepteren zonder begrip te hebben van de data-analyse.”

De onderzoeksgroep Bioinformatica aan Wageningen University werd in 2002 opgericht. De eerste hoogleraar Bioinformatica was prof. Jack Leunissen. Hij leidde de groep op inspirerende wijze tot zijn vroegtijdig overlijden half mei 2012.