RABBIT

Nieuws

Nieuwe softwaretool ‘RABBIT’ stelt vast van welke voorouders interessante DNA-bouwstenen afkomstig zijn

Gepubliceerd op
3 augustus 2015

Het DNA van individuele planten en dieren bestaat uit een willekeurige mix van DNA-bouwstenen die zij van hun voorouders hebben geërfd. Maar wat doe je als je een plant of dier met interessante kenmerken vindt, maar niet precies weet van welke van een aantal potentiële voorouders de genen van dit organisme afkomstig zijn? Dan biedt de nieuwe door Wageningen UR ontwikkelde softwaretool ‘Reconstructing Ancestry Blocks Bit By Bit’ (RABBIT) uitkomst. Zelfs als het organisme afkomstig is uit een populatie die zich willekeurig en via meerdere ouders voortplant en het niet duidelijk is hoe de verschillende generaties planten of dieren zich tijdens je fok- of veredelingsproeven hebben voortgeplant.

BiometrisPRI.jpg

Omdat de meeste organismen DNA van hun twee ouders erven, is het DNA van ieder organisme uniek. Als je verdere generaties teruggaat, hebben individuen een willekeurige mix aan DNA-bouwstenen die van hun voorouders afkomstig zijn.

Reconstructie van haplotype

Wageningen UR heeft de tool ‘RABBIT’ ontwikkeld om binnen populaties ontstaan uit kruisingen van twee of meerdere ouders (geen associatiepanels) vast te stellen van welke voorouders interessante delen in het DNA afkomstig zijn. In wetenschappelijke termen voert de tool een 'haplotype reconstruction' uit, oftewel de tool linkt genomen van individuen aan die van hun voorouders.

Uniek model

Het door Wageningen UR ontwikkelde model is uniek. Het kan worden gebruikt voor zowel plant- als dierpopulaties (diploïd), ongeacht of deze individuen ontstaan zijn via zelf- of kruisbestuiving. In de meest recente wetenschappelijke publicatie over het model hebben de wetenschappers RABBIT vergeleken met andere modellen, zoals HAPPY en GAIN. Deze vergelijking laat zien dat de RABBIT-reconstructies nauwkeuriger zijn en beter omgaan met genotyperingsfouten en verschillende populatietypes.

De RABBIT-tool kan data van verschillende soorten nakomelingspopulaties met meerdere (voor)ouders verwerken
De RABBIT-tool kan data van verschillende soorten nakomelingspopulaties met meerdere (voor)ouders verwerken

Hidden Markov-model

Om RABBIT te ontwikkelen hebben de wetenschappers gebruikgemaakt van een 'hidden Markov-model'. Dit model reconstrueert niet waarneembare voorouderlijke bouwstenen vanuit DNA-merkergegevens van de planten of dieren in de nakomelingspopulaties.

Financiering

Dit onderzoek wordt grotendeels financieel ondersteund door Stichting Technische Wetenschappen (STW) (subsidienr. STW-Rijk Zwaan project 12425), die onderdeel uitmaakt van de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek. Het wordt ook gefinancierd door het ministerie van Economische Zaken.