Eén data-infrastructuur voor One Health-surveillance

Veel ziekten springen van dier op mens over; denk maar aan het coronavirus, salmonellabesmetting of q-koorts. Daarom heeft de samenleving baat bij tijdige detectie en surveillance van voedselgerelateerde ziekten. Belangrijk is ook dat de verschillende partijen die onderzoek doen toegang krijgen tot een omgeving waarin ze data kunnen delen. Dit zou een stimulans zijn voor One Health surveillance, een geïntegreerde benadering om de gezondheid van mensen, dieren en ecosystemen in de gaten te houden.

Data vaak niet vindbaar

En daar zit een uitdaging, stelt Dirkjan Schokker, onderzoeker bij Wageningen Bioveterinary Research (WBVR): “Voor de mens is dat relevant, want ziekteverwekkers van dieren kunnen via voedsel mensen besmetten. WBVR, Wageningen Food Safety Research (WFSR) en het RIVM doen vanuit hun eigen rollen genoomonderzoek. In de ideale wereld worden de gegevens uit alle onderzoeken volgens de FAIR-principes opgeslagen: vindbaar, toegankelijk, interoperabel en herbruikbaar. Maar dat is volgens Dirkjan nog niet het geval: “Stel dat er naar aanleiding van een verdenking van een uitbraak data was verzameld, dan werd vaak niet vindbaar opgeslagen wanneer een sample was verzameld en waar die vandaan kwam. De gegevens stonden wel ergens in een mapje van de onderzoeker, maar niet op een centrale plek.”

Om data te delen van WBVR, RIVM en WFSR was dus een nieuwe aanpak nodig. Dirkjan: “De eerste uitdaging was: zorg dat je eerst je eigen dataset op orde hebt. Daaruit volgde de tweede uitdaging: zorgen dat datasets gekoppeld kunnen worden.”

Oplossing voor betere surveillance

Als onderdeel van het Wageningen Common Data Solutions-programma ontwikkelden Dirkjan en zijn collega’s een oplossing om tot een betere One Health-surveillance te komen. “We zochten allereerst een opensourceplatform voor het beheren, organiseren en delen van data. iRODS is daar heel goed in. Het voordeel was dat we binnen WUR al met dit platform werken en dat doet het RIVM ook. Vervolgens zijn we een database gaan vullen met data die betrekking hebben op een casus. Daarvan hebben we nu zo’n tweehonderd samples in de database staan.”

Onderzoekers van de drie organisaties kunnen genoomsequenties en bijbehorende metadata opvragen, inzien en – afhankelijk van hun bevoegdheden – gebruiken voor eigen analyses. Maar de data zelf blijven waar ze zijn, benadrukt Dirkjan.

Vertrouwde omgeving loslaten

De komende tijd wordt de database verder gevuld. Hoe gevulder die raakt, hoe dieper de inzichten die daaruit voortkomen, voorspelt Dirkjan: “Stel dat je als onderzoeker meer wilt weten over Salmonella-uitbraken tussen 2020 en 2025. Straks vinden zij dan alle sequenties en metadata van de verschillende uitbraken op één plek.”

Daarvoor is het wel nodig dat onderzoekers de vertrouwde Windows-omgeving loslaten en hun data onderbrengen in de nieuwe onderzoeksinfrastructuur. En dat is nog wel een puntje van aandacht, weet Dirkjan: “Onderzoekers zien heus wel het voordeel van één gezamenlijke plek voor data van diergezondheid, voedselveiligheid en humane gezondheid. Maar het vraagt een gedragsverandering en dat is niet altijd makkelijk.”

Leren door te doen

Op dit moment wordt hard gewerkt aan een koppeling met het systeem van het RIVM. Technisch geen ingewikkelde klus, maar de regels voor gegevensuitwisseling zijn streng. “We zijn nu op het punt waarop we moeten uitvinden hóe we gegevens wél kunnen delen. Dat is een kwestie van leren door te doen. Proberen te regelen wat geregeld moet worden, dat is mijn insteek. Er komen altijd wel uitdagingen op ons pad en dan kijken we wat we nodig hebben om die op te lossen.”

In een vervolgproject kan worden voortgeborduurd op wat er in dit WCDS-project is opgebouwd. Als het aan Dirkjan ligt, blijft het daar niet bij: “COVID is alweer passé, maar het blijft belangrijk om voorbereid te zijn op een volgende pandemie. Het is goed dat we samenwerken in een EU-project: UNITED4SURVEILLANCE. De basis die we hebben gelegd, gaat in ieder geval niet verloren.”