Project
Ecologie van resistentiegenen
Het doel van dit project is het ontwikkelen van kennis en meetmethodes die inzicht zullen geven in de dynamiek van verkregen resistentie genen (resistoom) in het microbioom van varkens. Hiervoor zal worden gekeken naar de samenstelling van het resistoom in verschillende organen (darm, oro/nasopharynx en tonsil) en naar de samenhang tussen en dynamiek in deze resistomen in relatie tot een antibioticum behandeling. Daarnaast zal worden gekeken naar de rol van het resistoom in de microbiota van dieren als bron voor antimicrobiële resistentie voor (voedsel)pathogenen.
Daarvoor zullen we de kwalitatieve en kwantitatieve bijdrage van het resistoom in de microbiële populatie in de organen in relatie tot de kwantitatieve samenstelling (diversiteit) van de microbiële populatie (microbioom) in kaart brengen in dieren die onder verschillende condities worden gehouden.
Naast deze microbioom-resistoom bepalingen zullen we ook gericht gaan kijken naar een tweetal specifieke organismen: Escherichia coli en Staphylococcus aureus. E. coli wordt in de huidige Nederlandse en Europese surveillance programmas o.a. gebruikt als indicator organisme voor het ontstaan en het verschuiven van resistenties. Daarnaast hebben zowel E. coli als S. aureus een zoönotisch karakter. Een vergelijking van de microbioom-resistoom bepalingen van deze twee bacteriën met die van de totale microbioom-resistoom bepalingen levert inzicht in de voorspellende waarde van het gebruik van de organismen voor surveillance programmas voor resistentie.