Fytosanitair: Candidatus Liberibacter (HLB)

In dit project worden methoden ontwikkeld en geëvalueerd voor detectie van ‘Candidatus Liberibacter spp.’, een groep van gereguleerde plant pathogene bacteriën die ziekten kunnen veroorzaken  in belangrijke gewassen. In het project wordt voor Huanglongbing disease van citrus (HLB) en Zebra Chips in aardappel een detectiemethode op basis van een metagenomica benadering ontwikkeld. Hierin wordt het totaal DNA uit het monster geëxtraheerd en gesequenced. De korte sequentie reads worden vervolgens vergeleken met sequenties in een databank om vast te stellen welke ziekteverwekkers aanwezig zijn. De methode is daarom geschikt om niet alleen ‘Ca Liberibacter spp.’ maar in principe alle ziekteverwekkers (behalve RNA-virussen) in de plant aan te kunnen tonen. Een betrouwbare diagnostiek vraagt niet alleen om een robuuste, betrouwbare detectiemethode, maar ook om een gevalideerde bemonsteringsstrategie.  ‘Ca Liberibacter soorten’ die HLB kunnen veroorzaken zijn niet homogeen verdeeld in de citrus plant. In het project wordt daarom aandacht besteed aan een geschikte bemonsteringswijze waarbij gekeken wordt naar de plaats van bemonstering (blad, (blad)steel, de hoeveelheid van het monster, en het tijdstip van bemonstering). Dit wordt uitgevoerd in nauwe samenvatting met een partner in Zuid-Amerika waar de ziekteverwekker endemisch is.

 ’Ca Liberibacter solanacearum kent vijf haplotypes, waarvan er twee (A en B) Zebra Chips kunnen veroorzaken. In het project wordt ook nagegaan op welke wijze de haplotypes efficiënt bepaald kunnen worden.  Wellicht dat de resultaten van een metagenomica analyse een haplotype bepaling mogelijk maakt, maar er worden ook andere methoden gebaseerd op multilocus sequence typing geëvalueerd.  

‘Ca Liberibacter spp.’ kunnen niet of slechts zeer moeilijk gekweekt worden, waardoor biologische eigenschappen (waardplantreeks, agressiviteit) moeilijk bepaald kunnen worden. In het project wordt genetische informatie gebruikt om de metabolische eigenschappen van de bacterie in kaart te brengen om zo een groeimedium te kunnen ontwikkelen.