Project
Bio-informatica en deep sequencing applicaties
De afgelopen jaren zijn de mogelijkheden sterk toegenomen om grootschalig sequentie (DNA)- of proteomics (eiwit)-data te genereren. Daarnaast zijn ook de mogelijkheden om die informatie met behulp van datamining te integreren, middels bio-informatica te analyseren en biologisch te interpreteren sterk toegenomen.
Deze ontwikkelingen komen bijvoorbeeld tijdens een uitbraak ten goede aan moleculair-epidemiologische analyses, maar worden ook ingezet voor virale- en bacteriële genoomanalyses ten behoeve van de snelle identificatie van eerstelijns diagnostische antigenen en vaccintargets.
Basis
Er is binnen het Wageningen Bioverterinary Research een goede basis gelegd voor onder andere het deep-sequencen, voor algemene bio-informatica analyses en voor de bijbehorende infrastructuur. Voor verschillende projecten is inmiddels al veel technologie ontwikkeld en zijn er enkele volwaardige pijplijnen beschikbaar voor algemeen gebruik. De ontwikkelingen in de omics technologieën en de bio-informatica gaan echter zo snel, en FAIR datamanagement (Findable Accessible Interoperable Reusable) wordt steeds meer een vereiste, waarvoor een goed uitgeruste en up-to-date expertise-groep op dit gebied een essentieel onderdeel vormt van de WBVR basisinfrastructuur om ook toekomstige (beleids)relevante dierziekte vraagstellingen op korte termijn te kunnen beantwoorden.
Werkpakketten
Dit project zal middels het up-to-date houden en verder ontwikkelen van sequencing en bio-informatica expertise het in 2018 aflopende WOT-O bio-informatica project voortzetten en het bestaande samenwerkingsnetwerk onderhouden en uitbouwen. Het verlengingsproject zal worden ingezet op een drietal hoofdpunten (werkpakketten) voor onderhoud en verdere uitbouw van de basisexpertise:
- Up-to-date houden bestaande expertise / faciliteiten en het continueren vraagbaak functie.
- Hiermee kan ook ad hoc assistentie en capaciteit worden geleverd ten tijde van een uitbraak. Het verkleinen van het gat tussen bestaande gestandaardiseerde deep sequencing bio-informatica procedures en agens-specifieke toepassingen (ook direct op klinisch materiaal).
- Uitbouwen van de basis expertise middels een drietal innovatietrajecten;
- FAIR datamanagement en datahergebruik
- Vernieuwende/nieuwe sequencing technologieën en analyse methoden (nanopore/RNAseq)
- Meta-genoom sequencen (aanwezige nucleïnezuren) als bredere screeningsmethodiek
Publicaties
-
Patterns of community assembly in the developing chicken microbiome reveal rapid primary succession
MicrobiologyOpen (2019), Volume: 8, Issue: 9 - ISSN 2045-8827 - p. e00821-e00821. -
Temporal dynamics of cloacal microbiota in adult laying chickens with and without access to an outdoor range
-
A cross-sectional observational study of the fecal microbiota in adult laying hens with and without an outdoor range
-
An observational field study of the cloacal microbiota in adult laying hens with and without access to an outdoor range
Animal Microbiome (2020), Volume: 2 - ISSN 2524-4671 -
Age Matters : Community Assembly in the Pig Fecal Microbiome in the First Month of Life
Frontiers in Microbiology (2021), Volume: 12 - ISSN 1664-302X -
Phyloseq R object accompanying the paper Temporal Dynamics Cloacal Microbiota 16S metataxonomics
-
Temporal dynamics of cloacal microbiota in adult laying chickens with and without access to an outdoor range
Frontiers in Microbiology (2021), Volume: 11 - ISSN 1664-302X -
Diet-induced changes in the jejunal microbiota of developing broilers reduce the abundance of Enterococcus hirae and Enterococcus faecium
BMC Genomics (2024), Volume: 25 - ISSN 1471-2164