Project
Bronattributie CRISPR signatures
Snelle detectie en identificatie van pathogenen en de route waarlangs ze zich verspreiden (bronattributie) is belangrijk voor adequate ziektebestrijding binnen de wettelijke overheidstaken, evenals voor bedrijfsgebonden dierziekten.
Het sequencen en reconstrueren van complete bacteriële genoomsequenties wordt steeds meer routinematig toegepast voor karakterisatie van de pathogenen en ook steeds meer in de context van surveillance.
Groepsverschillen
Vergelijkingen van genoomsequenties geven op basis van sequentiegelijkheid een beeld van hoe bacteriële pathogenen aan elkaar zijn gerelateerd. Als dit grote verschillen zijn dan is daar zelfs een mogelijke route uit te destilleren waarlangs een pathogeen zich in het veld heeft verspreid. Veelal echter ligt deze informatie opgesloten in specifiekere verschillen die niet met dit soort grove methoden worden opgepikt of de resolutie van specifiekere (bv MLST-gebaseerde) methoden is te laag. Daarom zijn in lopende projecten Bayesiaanse en machine learning technieken ontwikkeld om dit soort verborgen genomische groepsverschillen in kaart te kunnen brengen.
Nieuwe generatie methoden
Binnen het project zullen we deze nieuwe generatie methoden inzetten bij een grote collectie Campylobacter spp isolaten, afkomstig uit verschillende diersoorten en bronnen, om op zoek te gaan naar zulke genoom signatures. Hierbij willen we specifiek op zoek gaan naar verschillen in de CRISPR regio van het bacteriële genoom dat als een soort immunologische database van blootstelling aan bijvoorbeeld bacteriofagen fungeert. Ofwel, deze regio bevat een soort catalogus aan welke omgevingen de bacterie in de geschiedenis is blootgesteld geweest (inclusief diersoort/omgeving geschiedenis). Door daarin specifiek op zoek te gaan naar omgeving/bron-signatures kan bijvoorbeeld in een uitbraakstam na genoom-sequencing relatief snel een mogelijke bron/route van infectie worden aangewezen waarna interventie strategieën beter kunnen worden toegepast.