Project
From Access to R: Shellfish Stock Assessments
Most of the data checks and all of the stock assessment calculations in the WOT shellfish programme are performed in Access. This requires expert knowledge in Access, and is relatively time consuming. Also, steps taken are often difficult to reproduce in following years. At the same time the CSO database will be migrated to Frisbe in the near future where it may be directly accessed through documented R scripts. After the migration it will be easier to work with the data and create reports within R instead of Access. So, the problem is that we are using outdated methods. The relevance for WOT is that we expect to increase efficiency, accuracy and transparency of the stock estimations, and that we make our calculation methods future proof by adopting a modern and widely accepted open source tool that connects very well to the Frisbe database.
Het is de bedoeling om alle datachecks en berekeningen voor de jaarlijkse schelpdier bestandsschattingen om te zetten naar gedocumenteerde R scripts omdat het werken met vaste R scripts leidt tot tijdwinst, we hiervoor minder afhankelijk zijn van enkele Access experts, dit beter aansluit bij de Frisbe database waarnaar de schelpdierdatabase in de nabije toekomst wordt overgezet (vanuit Access), op deze manier genomen stappen beter gedocumenteerd kunnen worden en foutjes daardoor beter opgespoord kunnen worden en niet nogmaals gemaakt kunnen worden. Eigenlijk is het hoog tijd om de berekeningen om te zetten naar deze veel modernere en meer veelzijdige methode. Het is daarnaast de bedoeling om standaard rapportages te genereren via MarkDown, ten behoeve van 1) de kwaliteitschecks en 2) standaard rapportage aan LNV. Voor alle noodzakelijke stappen worden R scripts geschreven en getest, en berekeningen vergeleken met de oude methode. Als dit werkt worden ook MarkDown scripts gemaakt en wordt een kleine groep van gebruikers (met name de survey leiders) geïnstrueerd in hoe de scripts te gebruiken zodat het vanaf 2022 standaard gebruikt wordt binnen WOT schelpdieren.