Project
Nanopore-metagenoom
Het microbioom bestaat uit de complete verzameling micro-organismen die in een omgeving aanwezig zijn. De compositie van het microbioom van de darm speelt een belangrijke rol in gevoeligheid voor infectieziekten bij zowel mens als dier.
Compositie
De compositie van alle bacteriën uit het microbioom, het bacterioom, kan worden gemeten met behulp van 16S rRNA gene sequencing (16S barcoding). Daarnaast kan ook het metagenoom in een monster worden bepaald waarbij niet alleen de aanwezige bacteriën worden bepaald maar ook andere micro-organismen en alle genen die zij bij zich dragen.
Voordelen
Het bepalen van microbioom en metagenoom gebeuren routinematig met korte read sequencing (Illumina). Lange read sequencing technologie (Nanopore) wordt routinematig alleen gebruikt in combinatie met korte read data om het gebrek aan kwaliteit per base te compenseren maar door verbetering van de kwaliteit starten verschillende labs met pilots voor metagenoom sequencing met Nanopore. Voor specifieke vraagstellingen biedt deze techniek grote voordelen omdat meer data beschikbaar is over de genetische context van een gedetecteerd gen. Een voorbeeld is de detectie van antibiotica resistentie genen (ARGs) waarbij het meten van de genetische context van een gen meer informatie kan geven over de potentie van het gen om zich tussen bacteriën te verspreiden.
Doel project
Het doel van dit project is het ontwikkelen en testen van protocollen voor de detectie van AMR genen in de darm met behulp van Nanopore sequencing. Sequencing kosten per monster kunnen worden verlaagd wanneer meerdere monsters tegelijk worden gemeten maar dit gaat ten koste van de gevoeligheid. Om de gevoeligheid van de detectie te verhogen zal het ResCap verrijking in combinatie met Nanopore sequencing worden uitgevoerd. Daarnaast zullen nieuwe bioinformatica tools worden gebenchmarkt die specifiek zijn ontwikkeld voor analyse van metagenoom Nanopore data waar AMR detectie en bacterioom analyse mee kunnen worden uitgevoerd.