pijnboom zaadembyo's

Project

Documentatie en informatisering plant

Veredelingsbedrijven, universiteiten en NGO’s hebben behoefte aan gewascollecties van land- en tuinbouwgewassen die optimaal beheerd worden en uitgebreid zijn gedocumenteerd. Bovendien moet de informatie gemakkelijk beschikbaar zijn.

Doelstelling

Doel van dit project is de gewascollecties van het Centrum voor Genetische Bronnen (CGN) goed te documenteren en de informatie klantvriendelijk te ontsluiten via Nederlandse en Europese websites. Het gaat hier om GENIS, de CGN-PGR website, Europese Centrale Gewas Databases en de Nederlandse ‘National Inventory’ voor opname in EURISCO. Ook wordt, als deel van dit project, de algemene website van het CGN, de website van het ‘Netherlands CBD Focal Point for Access and Benefit Sharing’ en de site ‘De Oerakker’ beheerd.

Verder horen bij dit project de ontwikkeling en het onderhoud van de CGN-PGR website, de ontwikkeling en de implementatie van gebruikers interfaces, inclusief data-uitwisseling tussen gewasgenenbanken onderling en tussen gewasgenenbanken en andere data gebruikers.

Aanpak en tijdspad

Ruim de helft van de activiteiten betreffen onderhoudswerkzaamheden, daarnaast vindt uitbreiding en innovatie plaats.

De concrete activiteiten zijn:
• Technisch beheer GENIS.
• Applicatie beheer GENIS.
• Beheer GENIS-web (inclusief gebruikers interface).
• Verwerking karakterisatie en evaluatie data.
• Opzet en beheer gewas specifieke core selectoren.
• Technisch beheer EURISCO National Focal Point.
• Beheer ECPGR European Central Crop Databases en andere databases.
• Ontwikkeling crop portals.
• Analyse informatie in EURISCO en de Central Crop Databases.

Resultaten

  • In het kader van het technisch beheer van het documentatie systeem GENIS is ook de Oracle Internet Application Server gevirtualiseerd, waarmee de hele applicatie nu virtueel is gemaakt, en de gevoeligheid voor hardware storingen aanzienlijk is afgenomen.
  • Data zijn ingevoerd en gebruikers zijn ondersteund. Er werden paspoort gegevens van 336 nieuwe accessies en 15031 nieuwe fenotypische waarnemingen en 879 kiemkracht test resultaten ingevoerd.
  • De CGN-website is overgegaan van het oude door de WUR gebruikte content management systeem Wever naar het nieuwe GX. In dit kader werd de inhoud van de website aangepast en grotendeels herschreven.
  • Voor de on-line doorzoekbaarheid van de evaluatie data zijn ruim 38400 nieuwe ruwe gegevens verwerkt. De core selectoren van gerst, sla en aubergine zijn ge-updated op basis van de nieuwste inzichten in de fylogenie, en de core selector voor peen (Daucus spp.) is toegevoegd.
  • De EURISCO National Inventory werd tweemaandelijks ververst, en toegankelijk gemaakt middels de Integrated Pubishing Toolkit (IPT). Er werden acht ECPGR European Central Crop Databases on-line beschikbaar gesteld. 
  • In het kader van het technisch beheer van het documentatie systeem GENIS zijn nieuwe besturingssystemen in gebruik genomen (Windows2008R2 en Windows7). Als gevolg hiervan is ook de software op deze besturingssystemen vervangen: voor de Webserver is een Weblogic Server (WLS) in gebruik genomen, en voor het software front-end is gemigreerd naar Oracle Forms 11.1.2.2.
  • De website van het ABS Focal Point is geheel vernieuwd, zowel qua presentatie als inhoud.
  • Er zijn prototypes voor PGR Crop Portals gemaakt en gepubliceerd voor sla en aardappel en feedback van gebruikers is verzameld en verwerkt.
  • Ook zijn er weer vele duizenden nieuwe data punten ingevoerd: paspoort, fenotypische en kiemkracht data, zijn nieuwe fenotypische gegevens on-line doorzoekbaar gemaakt en zijn core selectoren gemaakt voor de nieuwe CGN gewassen veldsla, schorseneer en asperge. De core selector van tomaat is op basis van nieuwe wetenschappelijke inzichten geupdate.
  • De EURISCO National Inventory werd tweemaandelijks ververst, en toegankelijk gemaakt middels de Integrated Pubishing Toolkit (IPT).
  • Er werd bijgedragen aan de organisatie van een ECPGR Doc/Inf Working Group meeting, waarvoor ook de voorzitter wordt geleverd.
  • Tevens werden bijdrages geleverd aan het DivSeek initiatief, waar een brug wordt geslagen tussen genenbanken en de ontwikkelingen in de genomica. In dit kader is een deel van de informatie op de CGN website semantisch geannoteerd.

Publicaties