Project

Genome wide breeding

Genomic selection groeit uit tot de state-of-the-art methode voor de fokkerij en selectie in de fokkerij. In theorie maken de nieuw beschikbare genoomsequentiegegevens het mogelijk de genetische basis van fokdoeleigenschappen verder te onderzoeken.

Bij het fokken van dieren is het de bedoeling dat de genoomsequentiedata binnen een paar jaar op grote schaal beschikbaar komen. Belangrijke vragen hierbij:

  • hoe om te gaan met deze grote hoeveelheid nieuwe gegevens, en
  • wat is het extra voordeel van het gebruik van deze data ten opzichte van de thans beschikbare SNP (single nucleotide polymorfisme) arrays?

Doelstellling

Doel van dit project is om modellen te ontwikkelen om genoomsequentiedata te gebruiken zoals vereist voor precisiefokkerij. Een belangrijke uitdaging is om de toenemende hoeveelheid genomische data te relateren aan fenotypische gegevens, zodat de fokwaarde (genetisch potentieel) van dieren met het gehele scala van fokdoeleigenschappen voorspeld kan worden.

Dit project richt zich voornamelijk op Holstein melkvee, omdat deze populatie een bekende stamboom structuur en betrouwbare fenotypes heeft.

Aanpak en tijdspad

Activiteiten zijn:

    • Onderzoeksvoorstel voor promotie schrijven.
    • Sequence data (BAM-bestanden) maken.
    • Deelnemen aan stuurgroep van 1000 stier genoom project.
    • Samenwerken met onderzoekers PRI.
    • Ontwikkelen van analysemethodiek voor genoomsequentiedata.
    • Schrijven artikelen en proefschrift.

    Resultaten

    Beoogde eindresultaten zijn:

    • Samenwerking met PRI om de correlatiestructuren in genomic selection research te ontrafelen.
    • Methodologie om de hele genoomsequentiegegevens te gebruiken in praktische veredelingsprogramma’s.

    Binnen dit project zijn de mogelijkheden onderzocht en ontwikkeld om informatie van het hele genoom te gebruiken in de fokkerij. 20 stieren zijn gesequenced en gedeeld met internationale partners zodat in een core set met 240 founders meer dan 25 miljoen DNA-varianten zijn geïdentificeerd.

    Verder is gewerkt aan methodieken en software om deze informatie te gebruiken voor naar dieren waarbij maar een heel klein (<1%)  gedeelte van de genotypen bepaald zijn, of alleen aan familieleden genotypen bekend zijn.

    En verder is in internationaal verband gewerkt aan de vergelijking van verschillende methoden voor genomic prediction en voor het simuleren van genomische data. Dat heeft geresulteerd in twee review artikelen.

    Publicaties