
Project
Genome wide breeding
Genomic selection groeit uit tot de state-of-the-art methode voor de fokkerij en selectie in de fokkerij. In theorie maken de nieuw beschikbare genoomsequentiegegevens het mogelijk de genetische basis van fokdoeleigenschappen verder te onderzoeken.
Bij het fokken van dieren is het de bedoeling dat de genoomsequentiedata binnen een paar jaar op grote schaal beschikbaar komen. Belangrijke vragen hierbij:
- hoe om te gaan met deze grote hoeveelheid nieuwe gegevens, en
- wat is het extra voordeel van het gebruik van deze data ten opzichte van de thans beschikbare SNP (single nucleotide polymorfisme) arrays?
Doelstellling
Doel van dit project is om modellen te ontwikkelen om genoomsequentiedata te gebruiken zoals vereist voor precisiefokkerij. Een belangrijke uitdaging is om de toenemende hoeveelheid genomische data te relateren aan fenotypische gegevens, zodat de fokwaarde (genetisch potentieel) van dieren met het gehele scala van fokdoeleigenschappen voorspeld kan worden.
Dit project richt zich voornamelijk op Holstein melkvee, omdat deze populatie een bekende stamboom structuur en betrouwbare fenotypes heeft.
Aanpak en tijdspad
Activiteiten zijn:
- Onderzoeksvoorstel voor promotie schrijven.
- Sequence data (BAM-bestanden) maken.
- Deelnemen aan stuurgroep van 1000 stier genoom project.
- Samenwerken met onderzoekers PRI.
- Ontwikkelen van analysemethodiek voor genoomsequentiedata.
- Schrijven artikelen en proefschrift.
Resultaten
Beoogde eindresultaten zijn:
- Samenwerking met PRI om de correlatiestructuren in genomic selection research te ontrafelen.
- Methodologie om de hele genoomsequentiegegevens te gebruiken in praktische veredelingsprogramma’s.
Binnen dit project zijn de mogelijkheden onderzocht en ontwikkeld om informatie van het hele genoom te gebruiken in de fokkerij. 20 stieren zijn gesequenced en gedeeld met internationale partners zodat in een core set met 240 founders meer dan 25 miljoen DNA-varianten zijn geïdentificeerd.
Verder is gewerkt aan methodieken en software om deze informatie te gebruiken voor naar dieren waarbij maar een heel klein (<1%) gedeelte van de genotypen bepaald zijn, of alleen aan familieleden genotypen bekend zijn.
En verder is in internationaal verband gewerkt aan de vergelijking van verschillende methoden voor genomic prediction en voor het simuleren van genomische data. Dat heeft geresulteerd in twee review artikelen.
Publicaties
-
1000 Bull Genomes - Toward genomic Selectionf from whole genome sequence Data in Dairy and Beef Cattle
-
1000 Bull Genomes Consortium Project
In: Plant and Animal Genome XX Conference, San Diego, CA, USA, 14-18 January 2012. - -
A comparison of principal component regression and genomic REML for genomic prediction across populations
Genetics, Selection, Evolution 46 (2014). - ISSN 0999-193X - 14 p. -
Accuracy of imputation to whole-genome sequence data in Holstein Friesian cattle
-
Composition of genetic covariance between traits using high density SNP information, a quantative perspective
In: Book of abstracts 4th International Conference of Quantative Genetics, Edingburgh, 17-22 June 2012. - Edingburgh - p. 183 - 183. -
Effect of linkage disequilibrium and family relationships on reliability of direct genomic values
-
Exploiting genomic selection in breeding for fertility
In: Proceedings of the 15th Annual Conference of the European Society for Domestic Animal Reproduction (ESDAR), Antalya, Turkey,15–17 September 2011. - - p. 70 - 71. -
Genomic prediction in animals and plants: simulation of data, validation, reporting, and benchmarking
Genetics 193 (2013)2. - ISSN 0016-6731 - p. 347 - 365. -
Genomic selection - Prospects and challenges
-
Genomic selection - Uitdagingen en vooruitzichten