Project

Genomic breeding tools en databases

Genomic selectie groeit uit tot de state-of-the-art methode voor de fokkerij en selectie in diersoorten. Ook voor steeds meer plantensoorten zijn high-throughput genotypering arrays beschikbaar.

Biometris en Plant Breeding werken aan de toepassing, evaluatie en generalisatie van statistische technologieën voor genoom-brede predictie van phenotype-data en selectie van ‘genomic breeding values’ in plantenveredelingprogramma’s. Dit vindt onder andere plaats binnen het EU-project FruitBreedomics.

Plant Breeding werkt aan de ontwikkeling van software voor het voorspellen van phenotype-data vanuit ~omics-gegevens en het selecteren van goed voorspellende variabelen (merkers, metabolieten, eiwitten, transcripten) als biomarkers voor kandidaat-functionele componenten. Een database integratie aanpak wordt gebruikt om extra informatie voor een merker, metaboliet, eiwit, transcript te leveren die vervolgens gebruikt kunnen worden als voorkennis in binnen de statistische methodes of als verificatie van de gevonden associaties.

Daarnaast worden samen met ASG selectiestrategieën ontwikkeld en geëvalueerd. Hiermee wordt genoominformatie effectief benut om natuurlijke variatie in complexe eigenschappen gebalanceerd en gericht in te zetten tot een duurzame landbouw.

Aanpak en tijdspad

Activiteiten zijn:

  • Ontwikkelen van software en statistische methoden.
  • Samenwerken met onderzoekers van ASG voor het definiëren van onderzoeksvragen en hypothesen.
  • Schrijven van wetenschappelijke artikelen.

Resultaten

Resultaten zijn:

  • Samenwerking met ASG op het gebied van genomic selection research om de samenhang tussen genetische effecten en teelteigenschappen te ontrafelen.
  • Verbeterde software voor het voorspellen van phenotypic traits uit ~omics datasets.

Publicaties