Project

Maatwerk in de onderbouwing van door wratziekte vastgelegde gronden

Van de obligate schimmel Synchytrium endobioticum (wratziekte) is recentelijk de genoomsequentie bepaald van een Fysio-1 isolaat (MB42) uit Nederland. Er komen meerdere fysio’s van deze schimmel voor. Door meerdere isolaten (fysio’s) te sequencen en de aanwezige sequentie als referentie te gebruiken, kunnen de we wellicht een goede risico-inschatting maken voor de verspreiding en overleving van deze belangrijke plantpathogene schimmel, tevens quarantaine-organisme.

Doel

Percelen die besmet zijn met wratziekte worden voor een periode van 20 jaar vastgelegd voor de teelt van aardappel. De restricties kunnen wellicht voor een deel verlicht worden indien vastgesteld kan worden of een besmettingsbron nog vitale wintersporen bevat of indien het
fysio van het betreffende isolaat snel kan worden vastgesteld zodat wellicht andere (resistente) cultivars geteeld kunnen worden op het betreffende perceel. Van de obligate schimmel Synchytrium endobioticum (wratziekte) is recentelijk de genoomsequentie bepaald van een Fysio-1 isolaat (MB42) uit Nederland. Er komen meerdere fysio’s van deze schimmel voor. Door meerdere isolaten (fysio’s) te sequencen en de aanwezige sequentie als referentie te gebruiken, kunnen de twee beoogde doelen bereikt worden en kan zo een goede risico-inschatting gemaakt worden van de verspreiding en overleving van deze belangrijke plantpathogene schimmel, tevens quarantaine-organisme.

Werkwijze

2013

  • Verzamelen meerdere isolaten van wratziekte, o.a. in Euphresco verband;
  • Isoleren van wintersporen gevolgd door DNA extractie;
  • Bepalen genoomsequentie van meerdere isolaten m.b.v. Next Generation Sequencing (Illumina HiSeq)
  • Genotypering isolaten m.b.v. SNPs ev. ondersteund door microsatelliet merkers (SSRs);
  • Ontwikkeling RNA extractie protocol van wintersporen
  • RNA sequentie analyse

2014

  • Toetsontwikkeling vitaliteit;
  • Toetsontwikkeling snelle genotypering t.b.v. ‘track en trace’
  • Validatie test genotyperingstest
  • Validatie test vitaliteitstest

Resultaten

  • Verzameling materiaal
  • DNA extractie,
  • Extra genoomsequenties,
  • Identificatie SNPs,
  • RNA extractie protocol,
  • RNA sequenties

Deliverables


- Verzameling materiaal

- DNA extractie,

- Extra genoomsequenties,

- Identificatie SNPs,

- RNA extractie protocol,

- RNA sequenties