laboratoriumcentrifuge

Project

QBOL/Q-detect

Diagnostiek op het gebied van plantpathogene quarantaine organismen vindt meer en meer plaats met behulp van moleculaire toetsen. Voor een groot aantal quarantaineorganismen zijn echter nog geen gevoelige en snelle detectie- en identificatiemethoden ontwikkeld op moleculair gebied.

Bovendien zijn de benodigde DNA/RNA sequentiegegevens, die onderscheid maken tussen het quarantaineganisme (Q-organisme) en zijn nauw verwante soort, nog niet bepaald.

Het doel van de twee EU projecten, QBOL en Q-detect, die nauw op elkaar aansluiten, zijn:

  • Ontwikkel DNA barcodes die Q-organismen goed kunnen onderscheiden van hun nauw verwanten en neem deze op in een goed toegankelijke database;
  • Ontwikkel een DNA-bank;
  • Ontwikkel op basis van deze DNA-barcodes goede en gevoelige detectietechnieken die on-site kunnen worden ingezet.

Aanpak en tijdspad

Activiteiten voor QBOL zijn:

    Dit project is in 2012 afgesloten. Verslaglegging en wetenschappelijke publicaties worden afgerond

    Activiteiten voor Q-detect zijn:

    • Ontwikkeling isotherme amplificatie methoden voor detectie van virussen in witte vliegen.
    • Ontwikkeling van on-site detectieplatform met micro-fluidics.

    In 2013 wordt ter afsluiting van het Q-detect project een workshop in Slovenië georganiseerd met bijdrage van PRI. Daarnaast organiseren we ook in Nederland (Wageningen) in maart 2013 een workshop voor  de belangrijkste Nederlandse keuringsdiensten, waarin een drietal LAMP methoden voor Q-pathogenen on-site worden gedemonstreerd:

    1. Virussen in witte vliegen
    2. Thrips palmi
    3. Guignardia citricarpa op sinaasappel.

    De LAMP methode voor Guignardia citricarpa wordt bovendien verder uitgetest op een aantal sinaasappels, waarin de schimmel symptoomloos aanwezig is en de ontwikkeling van symptomen in de tijd wordt gevolgd.

    Het project wordt dan afgesloten met een rapportage en publicaties.

    Resultaten tot nu toe

    Hieronder staan de tot en met 2012 behaalde resulaten.

    QBOL

    • Bepaling van DNA/RNA sequenties van barcode regio’s van quarantaine organismen en hun nauwverwante soorten.
    • Ontwikkeling database (Q-bank) waarin alle gegenereerde DNA/RNA sequenties worden opgeslagen.
    • Ontwikkeling DNA bank inclusief WGA strategieën.
    • Afsluitende internationale meeting/workshop in Haarlem (NL) 21-25 Mei 2012.
    • Training voor NPPO’s Europa, Wageningen The Netherlands, 7-9 feb 2012
      Website: www.qbol.org
      Database: www.q-bank.eu met software aanwezig om identificatie uit te voeren m.b.v. DNA barcodes.

    Q-detect

    • Ontwikkeling isotherme amplificatie methoden voor detectie van virussen in witte vliegen.
    • Ontwikkeling van on-site detectieplatform m.b.v. LAMP/Genie II.

    Publicaties