Project

Sequencing Biodiversity: The feasibility of assessing biodiversity by sequencing

De ontwikkelingen in DNA sequencing technologie gaan de komende jaren zorgen voor een revolutie van toepassingen op allerlei terreinen, van gepersonifieerde medicijnen tot ons begrip van de biologische diversiteit. Voor KB-14 is van belang dat ze het mogelijk maakt om soortsdiversiteit te bepalen door middel van DNA sequencing: ook voor moeilijk zichtbare organismen, en automatiseerbaar. Tevens maken nieuwe toepassingen van identificatie van soorten het mogelijk biodiversiteitonderzoek anders naar het publiek te communiceren, onder meer over de mogelijkheden om invasieve soorten aan de grens te onderscheiden, en over tools om illegaal verhandelde soorten te herkennen en te onderscheiden van gecultiveerde soorten.

Er is weinig inzicht in de invloed van het genotype van bomen (als ‘drager’ van een ecosysteem) op de diversiteit van vele tientallen soorten geassocieerde organismen (insecten, mycorrhiza, en de trophische nivo’s die daarvan afhankelijk zijn). Er is weinig inzicht in de biodiversiteit in de bodem, en er is grote behoefte aan methodes om dat snel en high throughput te bepalen.

Invasieve soorten vormen een bedreiging voor de biodiversiteit en veerkracht van natuurlijke ecosystemen. Een deel hiervan komt ons land binnen middels de handel in planten, met name waterplanten. Als we invasieven aan de grens kunnen onderscheiden van niet-invasieven, kunnen we proberen zulke planten te weren. Omdat materiaal in vegetatieve vorm, en dus zonder veel onderscheidende kenmerken, binnen komt, bieden DNA technieken hier goede mogelijkheden.

Doelstelling

In dit project bepalen we de potentie van "next generation sequencing" in twee systemen. Voor een onderdeel van bodembiodiversiteit, nl. de gemeenschap van mycorrhiza geassocieerd met bomen, laten we de kracht van de techniek zien om inzicht te krijgen in de diversiteit van mycorrhiza schimmels in de bodem in interactie met die in de bomen die het bovengrondse ecosysteem karakteriseren. Daarnaast richt dit project zich op het herkennen (identificeren) van soorten en populaties binnne soorten, oa invasieve soorten ten opzichte van niet-invasieve verwante soorten, en gecultiveerd materiaal tegenover materiaal uit wilde populaties van bedreigde soorten, bv orchideeen.

Producten

  • Een manuscript over detectie van beschermde orchideeen met behulp van sequencing technologie.
  • Een artikel over egenetische eigenschappen die de interactie tussen organismen (trophische niveau's) beinvloeden: ''Insight into the genetic components of community genetics: QTL mapping of insect association in a fast-growing forest tree".

Publicaties