hybrid nature of pig genomes

Promotie

The hybrid nature of pig genomes. Unraveling the mosaic haplotype structure in wild and commercial Sus scrofa populations

Promovendus dr. M (Mirte) Bosse
Promotor prof.dr. MAM (Martien) Groenen
Copromotor dr.ir. HJWC (Hendrik-Jan) Megens
O (Ole) Madsen
Organisatie Wageningen University, Leerstoelgroep Fokkerij en genetica
Datum

vr 22 mei 2015 16:00 tot 17:30

Locatie Aula, gebouwnummer 362
Generaal Foulkesweg 1
362
6703 BG Wageningen
0317-483592

Samenvatting

De genetische code van een enkel individu bevat informatie over de demografische geschiedenis van een populatie, van historische bottlenecks tot recente inteelt, hybridizatie en selectie. Door genoomonderzoek laat ik zien dat wereldwijd Aziatische varkens en zwijnen de meeste genetische variatie bezitten, onder andere doordat relatief weinig Europese wilde zwijnen de laatste ijstijd overleefd hebben. Het commerciële varken zoals we dat nu kennen heeft een lange historie sinds de oorspronkelijke domesticatie van het wilde zwijn zo’n 10,000 jaar geleden. Deze domesticatie vond onafhankelijk in Europa en Azië plaats, wat resulteerde in Europese en Aziatische varkensrassen met zeer verschillende eigenschappen en uiterlijk. Zo’n 200 jaar geleden hebben Britse varkensboeren Europese varkens met Aziatische varkens gekruist. Onze Europese varkens bevatten nog steeds DNA dat afkomstig is uit Azië. De genetische diversiteit binnen de commerciële varkens is hierdoor groter dan die in huidige wild zwijn populaties in Europa. Bovendien laat ik zien dat selectie voor een aantal Aziatische gen-varianten bijgedragen heeft aan een verhoogde vruchtbaarheid en vetheid binnen Europese commerciële varkensrassen. Tenslotte heb ik onderzocht hoe genetische data het beste gebruikt kan worden om inteelt in zwaar bedreigde zwijnensoorten tegen te gaan.

Propositions

  1. We are all inbred hybrids (this thesis)
  2. Introgression mapping should be used more often to screen for loci under selection (this thesis)
  3. Flexibility in thoughts and lifestyle are key to modern careers in science
  4. The most effective strategy in species conservation is to remove the human population
  5. A scientific CV that includes some months parental leave should be rated higher than a similar CV without it
  6. Acknowledging differences between people is the best way to reach equality