Project

A de novo sequencing catalogue B.oleracea

Veel economische belangrijke groentegewassen, zoals kool, bloemkool, kohlrabi , boerenkool, broccoli en spruitjes, behoren tot de soort Brassica oleracea. Voor plantenveredeling, waar genetisch materiaal gekruist wordt om zo waardevolle eigenschappen in nieuwe rassen te combineren, is het belangrijk dat de meiose, waar recombinatie tussen ouder genomen plaatsvindt, goed verloopt.

Niet goed verlopende kruisingen

Nu blijkt dat in kruisingen binnen en tussen B. oleracea gewassen de meiose veelal niet goed te verlopen. Een oorzaak kan zijn dat er tussen de genomen van de verschillende gewassen structurele variaties voorkomen welke het paren van chromosomen en recombinatie verstoren. Een andere onderliggende oorzaak kan zijn dat de genoom triplicatie, welke ongeveer 15 miljoen jaar geleden plaatsvond  in een voorouder van de brassica soorten, deze onregelmatigheden veroorzaakt. Daar er geen goede referentie genomen zijn, is dit moeilijk te onderzoeken.

In dit project is het doel om zowel de novo referentie genomen te genereren van 4 belangrijke B. oleracea gewassen, als ook het genereren van genetische kaarten van inter-gewas segregerende populaties om zo het recombinatie landschap te reconstrueren. Beide aanpakken versterken elkaar.

Helpt veredelaars om juiste strategie te kiezen

De verworven kennis is van belang omdat ze veredelaars gereedschappen verschaft om de juiste strategieën te kiezen om eigenschappen vanuit B.oleracea collecties in te kruisen in hun elite lijnen. Dit leidt tot efficiëntere veredeling, en een duurzamere productie van koolgewassen daar bv gebruik van genetische (a)biotische stress  resistenties over het gehele assortiment kool gewassen ingezet kan worden.

Eerste stappen

In 2017 zijn de eerste stappen genomen. Voor elk van de gewassen kool, bloemkool, broccoli, kohlrabi en boerenkool, zijn genotypes geselecteerd welke in het voorjaar van 2018 onderling gekruist kunnen worden. Dit is de eerste stap naar de double cross populaties, welke we genereren om het recombinatie landschap tussen verschillende B. oleracea gewassen te bestuderen. Verder is het eerste DNA van deze lijnen geïsoleerd, en verwachten we de eerste sequentie data begin 2018.

Publicaties