Schatten uit de diepte: biosynthetische profilering en kweek van mariene, aan gastheren geassocieerde Acidobacteriota

Veel hedendaagse antibiotica zijn afkomstig van bacteriën, maar antibioticaresistentie neemt sneller toe dan er nieuwe medicijnen worden gevonden. Een van de redenen is dat de meeste bacteriën in de natuur weigeren te groeien in een lab. Dit promotieonderzoek zoekt naar nieuwe stoffen in bacteriën uit zeesponzen, een al lang bekende bron van mariene natuurproducten. Specifiek richt het onderzoek zich op een vaak over het hoofd geziene bacteriestam, genaamd Acidobacteriota. We verzamelden duizenden van hun DNA-sequenties om in kaart te brengen welke stoffen ze mogelijk produceren, en ontdekten dat bacteriën die in zeesponzen leven ongebruikelijke genen bevatten voor het maken van nieuwe chemische verbindingen die nergens anders voorkomen. Vervolgens probeerden we deze  bacteriën uit de sponsen te kweken, waarbij we chemische aanwijzingen uit de spons zelf gebruikten om hun kweekmedium te ontwerpen. Dit leverde verschillende nieuwe bacteriesoorten op. Al met al wijst dit werk deze over het hoofd geziene bacteriën aan als verborgen chemische schatkamers, en laat het zien wat er nodig is om ze in het lab te kweken.