Volgende generatie moleculaire veredeling in aardbei: het gebruik van haplotypen gebaseerd op 'whole-genome sequencing'

Moleculaire veredeling in de allo-octoploïde aardbei (Fragaria × ananassa) kent uitdagingen door de grote gelijkenis tussen subgenomen, wat variant calling bij whole-genome sequencing (WGS) bemoeilijkt. Dit proefschrift zet een robuuste pijplijn op om genotypering op basis van WGS te implementeren in een praktisch aardbeiveredelingsprogramma.

Allereerst selecteerden we een representatieve kerncollectie om de diversiteit van het genetische bronmateriaal vast te leggen. Vervolgens ontwikkelden we een filtermethode op basis van linkage disequilibrium en allelbalans om foutieve SNP's, veroorzaakt door subgenoom-gelijkenis, te verwijderen. Met deze betrouwbare SNP's bouwden we haplotype-referentiepanels die nauwkeurige imputatie van low-coverage sequentiedata mogelijk maakten. Daarna gebruikten we deze haplotypes om de genetische diversiteit en regio’s die geselecteerd zijn binnen veredelingspopulaties en door de tijd heen in kaart te brengen.

Samenvattend maakt dit werk WGS tot een flexibel instrument voor genotypering dat dagelijkse veredelingsbeslissingen en het langetermijnbeheer van genetische diversiteit in aardbei ondersteunt. Bovendien biedt het een blauwdruk die met kleine aanpassingen kan worden vertaald naar andere gewassen.