prof.dr.ir. GC (Gerco) Angenent

Wij bestuderen de moleculair genetische regulatie van ontwikkelingsprocessen en proberen de onderliggende netwerken van genen te ontrafelen. Daarbij is een focus op transcriptiefactoren en chromatine modelerende factoren en hoe deze eiwitten moleculair functioneren. De processen die wij bestuderen zijn: bloeiregulatie, bloemorgaanvorming en groei, vruchtontwikkeling, embryogenese en zaadkwaliteit. We maken gebruik van modelplanten zoals Arabidopsis en tomaat en vertalen onze kennis naar gewassen.

Een belangrijke onderzoeksvraag die wij stellen is: Hoe werken Transcriptiefactoren en welke genen controleren ze?  Om deze vraag te beantwoorden bestuderen wij de functie en werking van transcriptiefactoren die behoren tot een van de drie families: de MADS domein, AP2- en TCP families. Deze eiwitten vormen grotere complexen met andere eiwitten en deze interactiepartners identificeren we m.b.v. immunoprecipitatie gevolgd door massa spectrometrie. De transcriptiefactoren binden aan DNA op specifieke plaatsen in het genoom. Wij zijn geinteresseerd in de binding aan het DNA en hoe specificiteit wordt verkregen. Dit bestuderen we met methoden zoals ChIP-seq, DAP-seq, RNA-seq en EMSA. Deze experimenten laat zien dat de samenstelling van het transcriptiefactorcomplex bijdraagt aan de specificiteit van DNA binding en daarmee de regulatie van genen. Voor een aantal ontwikkelingsprocessen, zoals bloeiregulatie, bloemvorming, embryogenese en vruchtontwikkeling, proberen we de genen die gereguleerd worden door de bovengenoemde transcriptiefactoren te identificeren. Deze zgn. targetgenen kunnen een deel van de functies van de transcriptiefactoren verzorgen.